吴军偷袭得手，连续攻占泸州、叙州、永宁、建昌、仁怀等地。原本已降清的谭洪、彭时亨等将领，又率部再次叛清。夔州府百姓也随之而叛，谭洪率众至巫山，据守万县。

    四川形势的反复，让康熙帝非常震惊，他除了敕令四川当地驻军平叛，还从进攻云贵的大军中，紧急抽调出部分满汉军对付叛乱。他派徐治都等将官会同将军噶尔汉等部，速赴夔州，执行剿贼任务。另遣将军王进宝等前往镇守战略要地保宁，兼守汉中诸处。谭洪、彭时亨在攻占永宁诸处之后，又攻陷涪州，两军合而为一，进至保宁附近地区，切断四川清军后勤通道。康熙帝派遣陕西总督哈占速增援保宁，但哈占以兵力不足为由，再请援兵。康熙帝指示护军统领佟佳等速往应援，甘肃巡抚、提督分兵固守略阳（陕西略阳）、阳平各处。四川大好局面，竟被如此搞砸，康熙帝痛斥守川诸将畏怯瞻顾，不竭力剿御所致。

    四川的再度叛乱，显然打乱了从四川进军云贵的战略计划。出征云贵的赵良栋部，被改了任务，专力于平息谭洪等人的叛乱。好在清军兵力充沛，康熙帝两手同时抓，督令章泰、蔡毓荣、赖塔等仍按原定日期出师。

    康熙十九年（1680年）九月十二日，蔡毓荣部自沅州率先出师。沅州靠近贵州东部的湖南境内，有一河，名沅水（贵州境内段称沅河），可从沅州直通贵州镇远。清军便借助这条水道，迅速进入了贵州境内。在同后继部队大将军章泰部会合后，他们一起向镇远进发。守城的吴军将领张足法、杨应选等，没有选择抵抗，赶在清军到达的前一天夜里，悄悄撤退。清军于十月十二日接收了镇远府城，派出轻骑兵西追，收复偏桥（镇远西）等地。

    康熙帝以七百里加急，将指令发到镇远。他指示：“镇远至贵阳，道平坦，料贼不守贵阳，必据鸡公背、铁索桥诸处。各将帅、大臣等，务同心协力，以济大事，速取贵阳，即分兵取遵义。”他同时特别提醒诸将：遵义是叛军的后路，突入四川的吴军，势必退归。因此，在川的各将领要乘势长驱，荡平疆圉。他还要求赖塔等部，统领广西满汉大军，速进云南。

    章泰与蔡毓荣、董卫国、林兴珠等按康熙帝的指示，督率满汉大军直奔贵阳。他们从镇远出发，先后攻占清平等城镇，并于十月十七日大败吴将韩天福部，夺取了平越州，同时还收复平越西的新添、龙里（今仍名）两镇。贵阳已在眼前。章泰、蔡毓荣部，顾不得休息，急行军开进。于二十一日直抵贵阳城下。

    在清军向贵阳进发时，吴世璠急召夏国相、高启隆、王会等，速从四川回援贵阳。令马宝、胡国柱等继续在四川作战。但吴军增援部队还未赶到，清军已进至贵阳郊区。吴世璠大惊，在叔父吴应期，将领刘国炳护送下，乘夜撤退回昆明。贵州省城贵阳就这么落入清军之手。吴世璠的大臣，位居侍郎之职的郭昌，及原任清提督李本琛，同大小文武官员一并投降。

    章泰率部继续进攻，于十一月初，先后夺取了安顺、石阡、都匀、思南等城。平远（织金）知府郑开枢等献平远城归降。十日，清军又攻下永宁州，突至鸡公背。一万三千余吴军见守住无望，便焚烧盘江铁索桥后，撤走。盘江铁索桥是云贵间的咽喉，若被清军夺取，便可长驱直入，杀至昆明城下。普安土司龙天佑、永宁土司沙起龙、礼廷试等归顺清军，为表诚意，他们主动提出，愿为清军架设浮桥。

    贵州似乎拿下的较为轻松，章泰、蔡毓荣等在贵阳休整了月余，已感无聊，正在等候新的命令。命令没等到，却等来平远府被吴军攻下的消息。这是吴世璠的杰作，他命高启隆为大将军，会同夏国相、王会、王永清、张足法等，共两万人马，出奇兵，一举攻陷平远府。清大将穆占率部反攻，于康熙二十年正月二十二日将吴军击败，高启隆败逃，王会等率领部下投降。平远府再