当吴军与清军在正面战场对峙之时，左翼与右翼两个战场，双方则打得难解难分。

    吴三桂曾试图打通与耿、王两部的交通线，使反清势力连成一片。但康熙帝看出了他的意图，派大军分别在江西、浙江、陕西、甘肃等地阻击吴军，使吴三桂、耿精忠、王辅臣始终未能会师。

    相对于左翼，右翼的西部战场更加靠近京城。陕甘地区为西北边防重地，直接关系到北京的安全。对于这个心腹之患，康熙帝以恩威并用、剿抚结合的手段，试图尽快平息王辅臣的叛乱。除去这个卧榻旁的猛虎，清廷就可以腾出手来对付吴三桂。

    康熙十四年底，宁夏兵变，提督陈福被害后，陕甘的形势更显紧迫。康熙帝认为陕西的叛乱，根子还是出在王辅臣的身上，只有攻陷他的老巢平凉，才能彻底解决这个问题。

    康熙帝在招抚失败后，下决心以武力解决问题。他认为，“欲平陕西诸寇，必先取秦州。”秦州（甘肃天水）位于兰州、巩昌（甘肃陇西）、平凉、汉中等战略要地之间，靠近陕西。只要能夺取秦州，就能切断叛军之间的联系，从而使清军握有主动权。

    秦州城高墙厚，要打下它，必须靠火力凶猛的红衣大炮。康熙帝命都统海尔图等，率兵护送红衣大炮至秦州。康熙十四年三月四日，“定西大将军”多罗贝勒董鄂率大军将秦州包围。城内叛军在一万人左右，围城的清军大约有两万人。围城半月，四月二十日，从四川、平凉来救援的叛军万余人，与城内被困的部队里应外合，向清军展开攻势。清军靠着火力上的优势，将叛军击溃。其后，双方又屡有激战，但叛军始终未能击溃清军。战斗呈焦灼状时，清军总兵孙思克率部奉命从巩昌前来增援。这支部队起了决定性的作用，胜利的天平，压向清军一方。城内的叛军，战斗意志崩溃，在总兵陈万策的带领下，出城投降。增援秦州的四川和平凉的叛军及城内的将领巴三纲等一并逃走。收复秦州后，董鄂即遣“振武将军”佛尼勒、内大臣坤巴图鲁、总兵孙思克乘胜追击，一举收复了秦州附近的礼县、清水（今仍名）、伏羌（甘谷）、西和等县城。

    收复秦州后，康熙帝派一部分清军开赴栈道，增援汉中。另一部开赴平凉南的陇州（陕西陇县）守卫。都统海尔图等护送红衣大炮，向平凉进发。

    失去秦州，王辅臣大感震惊，急忙将兵力收缩至平凉固守。除平凉外，叛军还占据庆阳、定边、固原、延安、兰州等处，但基本属于孤立无援的状态。

    在清军围困秦州的同时，已向兰州、巩昌叛军发动进攻。康熙十四年五月，西宁总兵王进宝部包围了兰州。兰州为“河西五郡咽喉”，叛军拼死防守。一个月来，清军数度将冲出城的叛军击溃，清军自身也伤亡惨重。因后勤补给通道被切断，叛军造木筏百余只，企图渡黄河突围。王进宝在黄河岸边埋下伏兵，叛军未能逃出。王进宝与布政按察使伊图派人到城下，宣谕朝廷的招抚政策，承诺如投降，即赦免一切过犯。叛军走投无路，六月二十七日，在总兵赵士升及原任布政使成额带领下，共计五千余人出城投降。

    张勇亲自率部队包围了巩昌，王辅臣急派副将任国治等率三千人，由巩昌东门潜入城内增援。与原城内守军合兵一处，共计万余人，分四门杀出，直奔清军大营。城上城下炮声隆隆，激战中，双方都有不少人死于对方及己方的炮火下，清军游击张大选追至城下，中炮而死。

    六月二十五日，“安西将军”穆占、总兵孙思克赶到巩昌增援，将城池团团围住。清军派已投降的陈万策、谢辉等人入城，宣谕康熙帝的赦免诏。叛军总兵陈科等率部出降。

    六月二十九日，“平逆将军”都统毕力克图攻占延安，及延安府下辖的肤施、保安、安塞、宜川、延长、安定等县。陕甘边界重镇定边，也于六月初被清