年6月，在义和团被清廷宣布“合法化”的时候，某义和团的首领拿着仇洋派端亲王载漪的令箭来到山东，要求袁世凯允许义和团设坛操练。袁世凯一向视义和团为匪，但因为清廷当时的政策支持义和团而迟疑不定：因为答应设坛的话，好不容易被剿灭的义和团将再度兴起；但要是不答应，万一端亲王得势，难免有违令之嫌并会在日后遭到报复。

    正当袁世凯左右为难的时候，王士珍摸透了领导的心思，他主动站出来说：“大人放心，这事交给我来办！”言罢，王士珍便走出营门，当即下令将这位义和团首领绑了，随后以“盗窃端亲王令箭”的名义推出辕门外砍了。

    王士珍回到营中，袁世凯的会议还没有散，袁世凯见王士珍回来，便问：“你可将这人安置好了？”王士珍以手抹脖，很干脆地说：“已经处决了！”袁世凯大惊，问：“你怎么把这人杀了？万一端亲王怪罪下来，如何是好？”王士珍说：“这好办，只须将令箭封起来，称‘有人盗用’，送还端亲王即可。”袁世凯顿时醒悟，并连赞王士珍处事果断明决。

    在庚子年间，各省的传教士、外国商人及教民等途经山东避难时，王士珍奉命加以保护，他命令手下士兵组成便衣队，一方面资助粮食川资，另一方面还暗中抓捕义和拳。在八国联军占领北京并向京津地区进行扫荡的时候，王士珍命人在与直隶接壤的边界均用白灰在墙壁上写上大字：“此山东境！”说来奇怪的是，八国联军看见后还真就此止步，山东省在庚子年也因此未被侵犯。

    李鸿章死后，袁世凯继任为直隶总督兼北洋大臣，随后又承担了练兵等大任，一时间炙手可热，忙得不可开交。好在这时有王士珍在旁边辅佐，可以帮袁世凯分担不少军务。据袁世凯的幕僚称，但凡是与练兵有关的上奏或下发文稿，袁世凯都要让他过目，因此王士珍被人戏称为“龙目”，也就是充当了袁世凯的“眼睛”。等到袁世凯上调京城当上军机大臣后，王士珍也升任为陆军部侍郎，这是当时北洋将领中官职最高的，足见袁世凯对王士珍的重视。

    可惜的是，好景不长，在光绪皇帝与慈禧太后相继离世后，袁世凯被摄政王载沣一脚踢回老家，北洋系势力大受动摇。这时，王士珍正在江北提督任上，他主动借丁忧之际自请开缺，在请求了两次才获得批准，以示与袁世凯共患难、同进退。武昌起义后，袁世凯再度出山，他首先派人把王士珍从老家找来，并立刻任命他为陆军部大臣。

    但随后的政局发展令王士珍大跌眼镜，袁世凯并没有秉承清廷的意思，反而在前线一会攻打，一会谈判，又打又拉，弄得王士珍无所适从。直到前线主将段祺瑞突然发出“共和通电”，王士珍才明白过来，袁世凯已经抛弃了清廷。事后，王士珍极为愤怒，他随即发电质问段祺瑞，“皇恩浩荡，如何出此之策”，以发泄自己的不满。

    在清帝退位后，正当北洋系的人欢呼雀跃、以为加官晋爵的机会到了之时，被大家认为是袁世凯身边头号“红人”的王士珍却突然称病辞职，把周围的人都搞得一团雾水。袁世凯也觉得很奇怪，便问他为何不肯继续辅佐自己。王士珍气呼呼甩下一句：“国家养兵千日，用在一时，乱民造反，不发兵征讨，反要议和，这真是旷古未有之奇闻！”

    言罢，王士珍便像很多遗老遗少一样，回到老家正定县牛家庄隐居去了。在退隐期间，王士珍仍自命为大清子民，他不但保留了脑袋后的小辫子，就连穿着服饰也全部是按照前清的规矩，一样都不能少。在他家的大厅中央，一直悬挂着一幅光绪皇帝亲赐的“福”字，每次晚辈来给他拜年之时，王士珍都要穿起清朝官服，让人先参拜堂中“福”字，以表示不忘前朝皇恩。在此期间，王士珍在老家修了两个祠堂，以分别祭祀他的生父母和养父母。当有朋友来看他并劝他出山的时候，王士珍