93年5月部署“十六条”启动的应急行动的同时，就已部署一项更有深远意义的行动：起草一个启动经济体制全面改革的纲领性文件。首先，国家体改委组织20位经济学家在5月份提出了一份《建立社会主义市场经济体制规划纲要》。接着，就由中央财经小组办公室组建了关于建立社会主义市场经济体制的若干专题调研组和正式文件的起草小组（这份文件后来由11月的中共十四届三中全会通过，题为《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》）。吴敬琏参加了《纲要》的起草工作。吴敬琏课题组的好几位成员也应召参加正式文件的起草小组。

    真是“皇天不负有心人”，在这样的形势下，吴敬琏课题组的多年努力终于有了用武之地。

    自1992年的春夏之后，随着改革形势的回暖，吴敬琏课题组的成员们加快了研究的进程，各项成果相继成型。吴敬琏回忆说：“‘南方讲话’之后，成果就一个一个出来了，每出一个先都是往中央送，一般都是送给中央财经领导小组的办公室主任曾培炎和十四届三中全会决定起草十组负责人，由他分送各位决策领导，然后在刊物上陆续发表，不少就发在我主编的《改革》杂志上。”

    由日后汇总出版的《建设市场经济的总体构想与方案设计》一书可见，他们总共完成了21个项目报告，涉及财政新体制、国有资产管理新体制和国有企业所有权框架、中国货币政策、金融体制改革、国家专业银行改革、人民币政策、公司化、企业与银行关系重建、社会保障体制、政府职能定位及转变、现代国家职能的理论探讨等多个层面。这是中国经济学家第一次整体地思考中国经济改革的前途，并提出了操作性极强的实施策略，它表明，在经历了十多年的改革摸索之后，中国学者逐步梳清了改革的路径和脉络，也正是从此开始，关于中国改革的争论，暂时告别了意识形态的分歧，而在实行市场经济的前提下，进入到了方法论的争议期。

    在这些方案中，最重要的一篇文献是吴敬琏与周小川执笔完成的《对近中期经济体制改革的一个整体性设计》。在这份研究报告中，他们提出要在英美式的市场经济（个人主义的市场经济）、日本（亚太式）市场经济（社团主义的市场经济）、德国式市场经济（社会市场经济）之外，建立第四种，也就是“具有中国特色的市场经济模式”。以此为出发点，他们对重点领域的改革步骤及近中期的改革目标进行了具体的设定。

    就在这些方案陆续上呈之际，十四届三中全会的准备工作开始进行，课题组中的周小川、楼继伟、郭树清和李剑阁被征召进入文件起草组，楼继伟此时担任体改委宏观司司长，李剑阁是经贸委研究室主任，吴敬琏等人完成的多篇报告被印发给起草组作政策参考。

    在起草过程中，学者们又发生了一场颇有意味的讨论。当时，中国改革已经进行了整整15个年头，所以，全会要对中国改革战略的特点进行一次描述，这时，分歧出现了。

    当时有相当多的学者认为，中国改革战略的特点是实行“渐进主义”路线的胜利，正是因为改革的渐进性，才使得中国没有像前苏联和东欧国家那样陷入困境，相反在改革时期实现了高速增长。这种观点得到很多人的认同，他们用邓小平的名言——“摸着石头过河”、“走一步看一步”为依据。由此，对后一阶段的改革提出了“整体渐进，每个阶段寻找一两个突破”的方针。

    吴敬琏则不以为然。他的观点是，将苏联、东欧的“休克疗法”与“渐进主义”相对起来，以后者为中国改革的主要成功经验是不恰当的，因为，这种以速度为标准的概括没有接触到中国转型的本质。那么，中国前15年经济转型的本质是什么呢？吴的答案是：增量改革。

    所谓增量改革指的是，中国改革的主