上的事情，排除了内阁对军事的指导。

    1894年6月5日，大本营成立。按照《战时大本营条例》，即使是内阁首相，也无权出席大本营会议。这意味着，伊藤博文身为首相，将被排斥在战时大本营之外，无法统揽全局。可是，战争并非只是军人的事情，没有任何一场战争仅仅是军事行动或者说只涉及军事，哪里能够跟政治和外jiāo分开？而军方人士，如山县有朋，就像他自己所说的那样，是“历来偏重军事”。

    当时，大本营的核心人物是参谋次长川上cāo六，以他为中心的军部，主张早日入朝与大清帝国开战，可是内阁却担心开战过早会遭致欧美干涉，坚持先继续进行外jiāo准备，主张推迟开战。伊藤博文要求自己和外相陆奥宗光出席大本营会议。7月26日，也就是在大本营成立一个多月之后，才敕命伊藤博文和陆奥宗光出席大本营会议。此时，联合舰队在首相还被排斥在大本营会议之外的时候，已经不宣而战。

    在日清开战后不久，伊滕博文起草了一份意见书，提出一要速战速决，二要政治策略与战略一致。他强调，忽视第二点，“仅仅靠单方面的军事力量是不能完成任务的，必须见机行动，始终要谨慎考虑外jiāo关系，不使国家陷于危险境地”，这是今天最大的“国家要务”。因此，绝对有必要“文武配合”。

    伊藤博文的愿望落空了。

    1894年8月，应枢密院议长山县有朋的强烈请求，任命他为新编的第一军司令官。该军是在第五师团的基础上增加第三师团组建的。由枢密院的议长兼任前线的司令官，这在日本帝国空前绝后，况且山县有朋人称“陆军之父”，陆军就是以他为主的一帮子人搞起来的，军中地位无人可比，朝中资历也不比首相伊藤博文浅，再加上统帅权独立，因此能够约束他的，就只有天皇。

    伊藤博文担心山县有朋一旦将在外，我行我素会坏事。于是，明治天皇根据伊滕博文的建议，在送山县有朋军出征时，特意让首相也出席作陪，并训示他一番，要他注意文武配合、遵守大本营的指示、在jiāo战地要与外jiāo官合作云云。

    1894年11月3日，山县有朋向大本营提出了《征清三策》，积极主张冬季作战。但大本营命令就地冬季宿营。这让求战心切的山县有朋心怀不满。11月21日，第二军只用了1天的时间，就占领了旅顺。这让本来就对大本营命令不满的山县有朋更受刺激，别人打胜仗，自己却要呆着，这算什么事呀？在11月25日，他扩大解释川上cāo六参谋次长所属的盐屋兵站监督所下达的命令，擅自下令进攻海城。

    伊藤博文也算是有先见之明。他当初担心的事情终于发生了。尽管山县有朋无视军纪，可大本营并没有立即一道命令解除这个战地集团军司令官的职务。第三师团长桂太郎哭着求首相伊藤博文想办法解决这事。伊滕博文请求天皇以疗养疾病为名，下令召回山县有朋。11月29日，天皇客客气气地向山县有朋下达了敕命：“朕与卿不见久矣。今又闻卿身染疾病，不堪轸念。朕更yù亲闻卿述敌军之全部情况。卿宜迅速归朝，奏之。”

    事情到了这个份上，山县有朋居然回电大本营，说自己病已经好转，很快就康复了，要求转奏天皇，准许他不回国。大本营没有答应他的要求。12月6日，山县有朋不得不卸职回国。

    召回山县有朋，保证了统帅权的一元化，起到了抑制驻外人员独断专行的作用。可是军政之间的关系，并没有因此在制度上有什么实质xìng的改进。军方依然把军权视为不容政府和议会染制的禁脔。伊藤博文将再一次领教军方的霸气。

    1905年9月5日，日俄签订《朴茨茅斯条约》，俄国承认朝鲜是日本的保护国。1906年2月，日本设置统监