令部民运科,特委书记的身分是民运科长。特委隶属陕甘宁边区党委。马明方兼任特委组织部部长。
12月13日中共中央决定,由林伯渠(主席)、张国焘、(副主席)、习仲勋、徐特立、刘景范、马明方、高岗组成陕甘宁边区政府新的主席团。
1月6日陕甘宁边区审干委员会成立,马明方为审干委员会委员。
3月代理中共绥德特委书记。
4月离开绥德回延安。因积劳成疾,经中央批准去苏联治病。到兰州后与任弼时、张子意、方志纯、李天佑、钟赤兵等一起,经新疆转赴莫斯科。
11月13日在中共陕甘宁边区第二次代表大会上,马明方等35人被提名为中共陕甘宁边区第二届委员会委员候选人(《中共陕西省组织史资料》注:选举结果待查)。是年在莫斯科东方大学一边学习,一边治病,并担任东方大学中共党的小组长。
1月在莫斯科东方大学学习期间,向党组织写了自传材料《我的履历》。
是年在莫斯科东方大学认真阅读了马恩列斯著作,写了大量的读书笔记,从而打下了坚实的理论基础。
1月初从苏联回国前,同方志纯等一起,拜会了共产国际领导人季米特洛夫,受到热情接待。
1月同张子意、方志纯、李握如、刘护平等20多人离苏联回国。途经迪化(今乌鲁木齐)时,因新疆形势逆转,暂留迪化。后调任八路军驻新疆办事处机关党支部书记。
11月20日在陕甘宁边区第二届参议会第一次会议上当选为陕甘宁边区政府委员会委员。
6月参加八路军驻新疆办事处干部学习会,陈潭秋传达中共中央关于开展整风运动的指示。
同月担任以陈潭秋为主任的总学委会委员,协助陈潭秋领导整风学习。并针对当时的困难形势,加强对共产党员的革命气节教育,要求每个党员要以“士可杀而志不可夺”的英雄气概,随时准备对付可能发生的突然事变。
7月陈潭秋根据中央指示精神,安排包括马明方在内的第一批同志撤离回延安。但明方同志坚持让陈潭秋和其他同志先走。并耐心地给一些同志做说服工作。
9月17日新疆军阀盛世才为达到他投蒋反共的罪恶目的,背叛与共产党签订的统战关系协议,以所谓的“请谈话”为名,派大批军警将中共在新疆的123人(不包括小孩)分别软禁于邱公馆、三角地,马明方等被软禁在八户梁。“昨日座上客”成了“今日阶下囚”。
1月14日中共中央致电在重庆的周恩来:设法营救被盛世才软禁的我党工作人员。
2月6日马明方等在软禁中接到陈潭秋“一定要坚定斗志,争取集体回延安”的密信后,同张子意等同志一起,立即开展“百子一条心,集体回延安”的顽强斗争。
2月10日中共中央书记处致电在重庆的周恩来,要求在与张治中谈话时提出释放被盛世才扣押的徐杰(陈潭秋)、周彬(毛泽民)等一批同志。
3月10日蒋介石指派中统高级特务带着“首要者必杀”的密令到迪化,以所谓“特派新疆审判团”名义,直接参与对共产党人的迫害。
4月11日新疆军阀盛世才将软禁在八户梁的马明方、方志纯、刘护平等35人关进迪化第一监狱(后又转入第二监狱)。马明方当即质问“共产党、八路军坚持抗战有功,何罪之有?!”为了便于对敌斗争,马明方化名马洛夫、马有德,张子意化名刘平、刘生财,方志纯化名王佑、王民生。
4月12日马明方看到从铁窗扔进一个纸团(戏称“航空信”):“登榜已回,有何指示?”后立即写了“加强联系,警惕!”的回条转高登榜。
5月结发妻罗氏因病在米脂老家去世,时年仅35岁