1646年八月，隆武帝在汀州遇害；九月，消息传到湖广和广东、广西等地，在南明各地官绅中又一次引起极大的震动。皇室继统问题再次提上紧急日程。此时二十二岁的桂王朱由榔是万历皇帝唯一活着的亲孙，也是崇祯皇帝血缘关系最近的堂弟，自然成了众望所归的人选。

    清军占领浙江、福建以后，客观的形势造成了南明残余势力向西南转移。原任广西巡抚瞿式耜等人提议拥立朱由榔即位继统。掌握地方实权的两广总督丁魁楚却心怀观望，拖延不决。直到接到隆武朝大学士何吾驺的亲笔信通知隆武帝已蒙难，建议速立桂王以后，才决定参加拥立行列。1646年十月初十日，朱由榔经过照例的三疏劝进，在广东肇庆就任监国。

    朱由榔在1644年国变前，就已经经历了一场生死浩劫。

    桂王朱由榔，明神宗之孙，桂恭王朱常瀛第七子。初封永明王，天启七年（1627）九月二十六日就藩湖南衡州。崇祯十六年（1643年）八月，张献忠部进军湖南，永明王朱由榔在永州被大西军俘获，落入了张献忠之手。正在性命难保时，朱由榔意外地受到一个混入大西政权的明朝官员的暗中保护，又恰逢张献忠决定作战略转移，率领大西军入川。大西军北上后，明朝广西征蛮将军杨国威和部将焦琏率领四千多名士卒开进湖南永州等地，朱由榔才得以死里逃生。1645年弘光朝廷覆亡，广西巡抚瞿式耜有意拥戴朱由榔的哥哥朱由楥继位。但当时南明的政治重心仍在东南，支派甚远的唐王朱聿键在郑芝龙兄弟和黄道周等人的支持下捷足先登，由监国而称帝。瞿式耜的愿望不仅没有实现，自己也因受隆武帝的猜忌而被调职。不久，朱由楥一病不起，朱由榔被册封为桂王。

    朱由榔相貌堂堂，据说很像祖父万历皇帝朱翊钧，可是生性懦弱，遇事毫无主见，用人又不当，实在承担不起中兴重任。因为父、兄的相继去世，朱由榔才成为最有“资格”的朱明皇朝继统人，但他对做皇帝的言谈举止却一窍不通。凑巧太监王坤（又名王弘祖）投入他的府中，这人早在崇祯年间就已经受到皇帝的信任，懂得宫中“故事”，指点仪注，使他知道如何摆出皇帝的架势，不至于出丑，王坤因此深受宠信。丁魁楚参与拥戴稍迟，又惟恐当不上首席大学士，于是同王坤串通结纳，得以如愿以偿。王坤的弄权，使永历朝廷一开始就陷入混乱和矛盾之中。

    朱由榔监国七天后，就传来了江西赣州失守的消息。尽管广东肇庆距离江西赣州还有相当一段路程，却举朝汹汹，监国的喜庆气氛消失得无影无踪。司礼监太监王坤主张立即逃难，首辅丁魁楚随声附和，几天后，小朝廷终于逃往广西梧州。这种惊惶失措的举动，对于维系广东人心自然是非常不利的。而且，朱由榔不知道另一个威胁正在附近出现。这就是朱聿鐭在广州称帝，又一次演出了明室宗藩同室操戈的闹剧。

    1646年八月福州陷落后，隆武帝的弟弟新唐王朱聿鐭仓惶乘船逃到广州。隆武朝的大学士苏观生与丁魁楚素有过节，福州陷落时他正在广东募兵，出于个人恩怨，他提出“兄终弟及”之说，于十一月在广州拥立朱聿鐭为“监国”。三天后，就举行登极大典，改元绍武。绍武政权最重要的一些官职，几乎全由广州本地人担任。

    朱聿鐭在广州即位的消息传到梧州，朱由榔和丁魁楚等人大吃一惊。朱由榔等人自知逃离广东铸下大错，为了收拾广东民心，立即东返肇庆，随后宣布即皇帝位，祭告天地、社稷、祖宗，改明年为永历元年。这样，南明又出现二帝并存的局面。

    对此，清人计六奇评道说：“肇庆府去广州仅四百里，拥立时无一函商及三司各属；既立后，复不颁新天子诏，元勋大老惟鬻爵择腴是务。至于军国重事，如峡以外设守广州，防御梅岭，俱不暇顾，且暂为目前计而已。