“我兵死战所得之地，怎能交给他人看守！”章泰理亏，只得于十月八日，下令各军进兵，直至城下，围困数重。

    即便在如此困难的情况下，吴世璠都没有坐以待毙，这点很有他爷爷的风骨。他派军出城迎战，在归化寺附近激战多时，杀伤大量清军，但未能挡住清军。赖塔部进至银锭山，蔡毓荣夺重重关与太平桥，赵良栋、穆占、巡抚王继文夺玉皇阁。这三路大军，连续猛攻数日。

    章泰在发起军事攻势时，仍然没有忘记开展政治攻势。清军从城下射出一封封招降书，眼见着弹尽粮绝，一些吴军将领开始动摇，准备献城求生。十月二十二日，吴将余从龙、吴成鳌悄悄出城投降，将城防图献给了清军统帅。章泰等人询问城内情况，降将如数供之。清军统帅信心大增，知昆明城已指日可破。章泰密派余从龙进城招抚。

    康熙二十年（1681年）十月二十八日，吴将线国安、吴国柱、吴世吉，原任都统何进忠、林天擎等密谋，准备发动兵变，拿了吴世璠、郭壮图，献给清军，以保住自己的性命。

    当这些人率兵冲入皇宫时，吴世璠没有任何胆怯之色，大骂：“狗贼！乱臣贼子！”虽然只面对吴世璠这孤家寡人，这些将领竟无一人敢上前，满脸愧疚之色。吴世璠轻蔑地看了一眼这些人手中的刀剑，举刀自刎，死时方才十六岁。他的皇后郭氏投环自缢而亡，宫中从死的达百余人。兵变部队又闯入郭壮图家，杀死其心腹郭得胜。郭与儿子郭宗汾皆自刎而死。兵变部队继而抓了大学土方光琛及其子方学潜、侄子方学范，控制了全城。

    次日，二十九日，兵变将领打开昆明城门，向清军投降。

    十月三十日，穆占、马齐受章泰之命，率部进入昆明城，其余各部人马分守各城门。共收降吴世璠所属大小将吏五千余人、兵士三万余，缴获大金印十四颗、小金印七颗、银印九十二颗、金策八件。

    清军受降后，如一群野兽四处劫掠，昆明城犹如陷入地狱。蔡毓荣霸占了吴三桂的爱妾“八面观音”，而穆占则夺了吴三桂的另一爱妾“四面观音”。

    进城后，章泰、蔡毓荣、哈占、赵良栋等主要统帅商议，如何处理吴集团中的重要成员。最终决议：没收吴世璠家产，把他首级割下，传送京师示众。将“首谋（叛清）献计”的方光琛和他的儿子方学潜、侄子方学范，在军前凌迟处死。

    这些人还制定了所谓处置“逆藩”人员条例：凡助贼肆恶、事迫投降的高启隆、张国柱、巴养元、郑旺、李继业等人皆处斩，妻女财产没收入官。将王永清、江义等人凌迟处死，他们的亲属一律处斩。

    活人不放过，死人也难清静。清军入城后，便一直在搜寻吴三桂的灵柩，准备戮尸示众。但多日下来，却一直没有下落。拷打吴三桂身边昔日的随从，虽打死了许多人，却仍然没得到任何线索，倒不是他们骨头硬，估计是确实不知道。其实早在昆明城被围之时，吴世璠就已经做了最坏的打算。他将吴三桂的灵柩秘密藏在了一个稳妥之处，知道此事的人，随后都人间蒸发，此秘密之处就只有吴世璠自己知道。而现在他已死，清军不得要领，只得根据自己的推测，在可能的地方乱挖一气。起获了多座坟墓，但都不是吴三桂的。

    不过后来吴三桂的一个侄子供出：吴三桂的遗体已焚化，骨灰匣藏在安福园石桥水底戽水。清军照此挖掘，果然找到一骨灰匣。然后将吴世璠的头与吴三桂的骨灰一并送到京师。其实这事很是蹊跷，吴世璠那么小心，就是不想让清军得到祖父的遗骨。他自然能想到家中子弟，若不幸落入清军之手，酷刑之下，什么都会招出来，所以这个藏骨灰匣之处，必是他有意透露，为的是掩饰真正的地方。他们这么做，不仅仅是为了爷爷，也是为了家人少受点罪。当然客观上，也帮了那些清军将领，让他们得以交