一天清晨，即1849年四月二十九日，陀思妥耶夫斯基被捕，被带到了彼得保罗要塞。原来他参加了一个青年人组织，其成员都受当时风行西欧的社会主义观念影响，他们决心要实施某些改革措施，特别是解放农奴、取消新闻审查制度，这些人每周聚会一次商讨意见。为了秘密传播组织内成员所写的文章，他们还竖起一台印刷机。警察早已经盯上他们一段时间了，所有人在同一天被捕。在牢里呆了几个月后，其中十五个人，包括陀思妥耶夫斯基，被判处死刑。在一个冬天的早晨，他们被带到处决的地点，可就在士兵准备行刑时，有信使来报，死刑改成了流放西伯利亚服苦役。陀思妥耶夫斯基被判在鄂木斯克监狱蹲了四年，之后当了一名普通士兵。当他被带回彼得保罗要塞后，他给哥哥米哈伊尔写了这样一封信：

    今天是十二月二十二日，我们被带到了西蒙诺夫斯基广场。在那里向我们宣读了死刑判决书。让我们亲吻十字架，匕首在我们头上折断，而我们的丧服（白衬衣）也准备好了。然后，我们当中有三个人被带到木栅前准备处决。我是这排人里的第六个；他们让我们每三人一组，所以我在第二组，已经没多会儿工夫可活了。我想念你，哥哥，想念你的一切；在生命的最后一刻，唯有你占据我的心头；我这才头一回意识到，我有多爱你，亲爱的哥哥！我还有时间拥抱了站在身旁、向我道别的普莱斯切夫和杜洛夫。后来，退军号响起，被押到木栅前的人又都被带了回来。有人向我们宣读，沙皇陛下赦我们不死。然后又宣读了最终判决……

    在《死屋手记》里，陀思妥耶夫斯基描述了监狱生活的恐怖。其中一点值得注意。他记述道，一个新犯人刚来两个钟头，就能跟其他犯人相处融洽、亲密无间。“可是对于一个绅士或者一个贵族，那就另当别论了。无论他怎么样不摆架子，脾气有多好，人有多聪明，自始至终都会受到其他人的一致痛恨和鄙视的，决不会有人理解他，更不会有人信赖他。没有谁会拿他当朋友或同志，或许过上几年，他不再成为大家的出气筒了，但他依旧无依无靠地生活，也摆脱不了自己是个孤独外人的痛苦念头。”

    此时的陀思妥耶夫斯基并不属于这种类型的绅士；他的出身跟他所过的生活一样，都极为普通，除了短暂的风光之外，他一直穷困潦倒。他的朋友兼难友杜洛夫广受爱戴。而陀思妥耶夫斯基却承受着孤独和痛苦，而这些痛苦，似乎至少在部分上是由于他性格上的缺陷引起的，包括他的妄自尊大、生性多疑、烦躁易怒。不过这种处于两百同伴当中的孤独感，又驱使他重新依靠自我：“通过这种精神上的隔绝，”他写道，“我有机会重新审视自己过去的岁月，对之进行细致的剖析，查究我之前的生活，严格冷酷地审视自己。”《新约全书》是唯一一本他可以拥有的书，他不停地读来读去。这本书对他的影响可谓巨大。自此之后，他处事谦恭，极力压制自己正常人的欲望。“在万事万物前，你都要谦卑起来，”他写道，“想想你过去的生活，想想你在未来能够成就什么，想想你灵魂深处潜伏着多么巨大的恶毒、卑鄙、邪恶。”牢狱生活至少暂时遏制了他那自负而专横的情绪。出狱时的他不再是一名革命者，而是一名王权和既定秩序的坚定支持者，同时也是一名癫痫病患者。

    关押期满后，他被派往西伯利亚的一处小驻地做士兵，以此来完成刑期。那里的生活异常艰辛，可他却坦然接受这种痛苦，认为这是对自己所犯罪过应有的惩罚，因为此时的他已认定，自己参与的改革活动是严重错误的；他写信给哥哥说：“我绝无怨言；这是我的十字架，我理应背负它。”1856年，通过一位老校友的从中调停，他得以离开军队，生活也比先前略为好些。他交朋友、恋爱，恋爱的对象叫玛丽亚·德米特耶夫娜·伊莎耶娃，是一个政治流放犯的妻子，带着一个儿