公元1368年，朱元璋建立明朝，并定都应天(今南京)。同年大将徐达率兵攻下元大都(今北京)，将秘阁所藏图书典籍，运往南京。这批书籍，多为宋、辽、金、元四朝的旧藏，有不少宋元刻本与抄本，奠定了明朝国家藏书的基础。朱允炆〔wei文〕继位后，“购遗书，申旧典，日唯汲汲不遑逸”(傅维鳞《明书》卷十五)。1403年，朱棣〔di帝〕即位当年，便命解缙主持编纂一部类书《文献大成》，并于次年完成。明成祖朱棣阅后嫌该书太简略，遂命亲信大臣姚广孝、刘季篪〔chi迟〕、解缙负责重修。永乐五年(公元1407年)重修完成，定名为《永乐大典》。《永乐大典》就是利用南京文渊阁的藏书编成，全书辑录了古今图书七八千种，总计卷数22877卷，另有凡例目录60卷。永乐四年(公元1406年)成祖问起南京文渊阁的藏书情况，学士解缙说“尚多阙略”。成祖听后便说：“士庶家稍有余资，皆欲积书，况于朝廷乎！”《明史·艺文志》遂召礼部尚书郑赐派人四出求访遗书，并指示不要计较价钱。永乐十九年(公元1421年)，明成祖迁都北京，命从南京文渊阁藏书中各取一部，共计100柜，装了十几船，由陈循运往北京，其余仍贮南京。据《西园闻见录》记载，为了放置这些南来的图书，明成祖另建一个文渊阁加以收藏。明宣宗朱瞻基十分重视藏书，又喜欢读书，曾“临视文渊阁，亲披阅经史”。据《明宣宗实录》记载，宣德八年(公元1433年)四月，为便于阅览，宣宗命杨士奇、杨荣等从藏书中取出《五经》、《四书》及《说苑》之类图书，分置于广寒、清暑二殿及琼花岛(今北京北海公园琼华岛)。当时，文渊阁等秘阁藏书约二万余部，近百万卷，其中3/10为刻本，7/10为抄本。明英宗正统六年(公元1441年)，杨士奇主持查勘了文渊阁、东阁的藏书，编出《文渊阁书目》，书目共著录图书43200余册，约7000余种。据《明史·艺文志》记载，这批“秘阁书籍，皆宋、元所遗，无不精美，装用倒折，四周向外，虫鼠不能损”。明英宗正统十四年(公元1449年)，南京宫殿失火，所藏宋元以来善本焚毁俱尽。从此明代的国家藏书开始走下坡路。这与皇帝的态度直接相关。由于后来的皇帝对藏书不重视，管理不善，损坏盗窃之事屡屡发生。据《万历野获编》载，明武宗正德年间，主事李继先借整理文渊阁藏书的机会，盗窃精本；内阁大学士们更是只借阅而不归还，这些情况不断出现，致使国家藏书锐减。嘉靖时，御史徐九皋曾上书建议明世宗朱厚熜〔g匆〕派人“查历代艺文志书目参对，凡经籍不备者，行士民之家，借本送官缮写”(《万历野获编·访求遗书》)，被明世宗拒绝。明神宗万历三十三年(公元1605年)，孙能传、张萱等清理文渊阁藏书，并编出《内阁书目》八卷。该书目所著录的图书与英宗正统六年所编的《文渊阁书目》记载的图书相比已“十不存一”，相距甚远。明末动乱，在兵燹战乱中北京宫中藏书损失惨重，“宋刻之镌〔juan捐〕，胥归残阙”。《永乐大典》原抄本从南京运来，一直藏于宫中文楼，全部毁失。

    明代除宫内藏书外，中央政府的各部、院、国子监以及地方各府、州、县官署都有一定的藏书。其中不少是朝廷颁发的书，如永乐十五年(公元1417年)曾经“颁《五经》、《四书》、《性理大全》于两京六部、国子监及天下府、州、县学”。当然各地官署藏书多寡有很大的不同。

    清兵入关，明朝灭亡。鉴于明末图书损失较大，清世祖遂于顺治十四年(公元1657年)“诏直省学臣购求遗书”。清康熙二十五年(公元1686年)，皇帝又诏求经学史乘等书，但都收效甚微。原因是汉族知识分子与满族封建统治者对立情绪严重，加之清政府虽有求书的诏令，但无切实的措施