在战斗前，大蛇丸以秽土转生禁术，将初代火影和二代目火影复活，跟自己合击第三代火影。战中，他在往日的师父面前露出自己的真面目，iàn ju下一个不为人知的年轻貌ěi nu人的脸，去证明自己的转生术已经成功，并已夺取了此女的身体作自己之用长达多年(此时大蛇丸虽然灵魂没变，但在生理上完全是个女人，无iàn juěi zhuāng时说话声音为此女的声音)。第三代火影见往日的弟子已经走火入魔，决定清理门户。

    二人交战时初时不分上下，第三代火影虽被称为“最强火影”，但由于年迈力衰，功夫大不如年轻时期，无法招架，只好使用当年四代目火影封印九尾的忍术——尸鬼封尽，三代目火影用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，大蛇丸操纵草雉剑重伤第三代火影，最终未能完全封印大蛇丸，只封印了他的双手，使之无法结印。

    他的双手被封印后，失去了使用忍术的力量（因为绝大部分忍术皆要以手结印和提炼查克拉才能使出），只好带领音忍撤退。砂忍其后才知道真正的风影已被大蛇丸所杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃行动”，最终以失败告终。

    大蛇丸为了医治双手，他和手下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手一纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和qg rén复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。

    期初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点占据上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。

    鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术一螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也激战正酣，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，不想剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。

    这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝诱佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。），临时以所捕忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管之后牺牲了音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。

    三年后，木叶村的“新第七班”队长大和从‘晓’的蝎处得到消息，知道其派往大蛇丸的卧底将于天地桥处跟其会面，并欲籍此找到关于佐助的线索。鸣人一众按照指示到达天地桥，却遇上了大蛇丸。大蛇丸跟因愤怒而化成四尾妖狐的鸣人进行了一场激烈的战斗(兜称这为‘怪物间的战斗’)，及后却因身躯已达极限，故带同兜及团藏派来交涉的佐井一起离开。

    但大和班众人没有放弃，追踪至大蛇丸的巢穴，找出并成功劝告佐井归队。之后他们分成两队，以求加快寻找出佐助的位置。途中佐井及鸣人一队却碰上了大蛇丸，大蛇丸跟鸣人再度交手，而鸣人却让佐井先往寻找佐助。后小樱及大和前来支援，大蛇丸不欲战斗而遁去无踪。不久，鸣人c小樱跟佐助再度会面，但佐助却不领旧情，欲把他们全部杀掉。这时大蛇丸突然出现，出奇地阻止佐助杀死鸣人他们，因为大蛇丸认为他们还有利用价值，可替他多杀掉几个‘晓’的成员(因为大蛇丸曾是‘晓’的成员，后叛离而同时给‘晓’追杀)。佐助会意而放弃杀害鸣人们的念头，和大蛇丸一起随风而消逝。

    不尸转生的三年期限届满后，连兜的药也已无助，大蛇丸认为是时候以