管孙元化没有直接参战，但在战后袁崇焕没有忘记为他请功，他被官升一级，并且得到十二两银子赏金。那门威力最大的佛朗机，也受到敕封，被封为“神威大将军”，受领锦袍一袭。

    而且，孙元化关于现代化火炮的建议得到了重视，大明在京城办起了一座规模不大的新式火炮铸造厂。为此，孙元化还专门邀请了精通火炮制作的传教士汤若望，作为该厂的顾问。由此，他和汤若望成了无话不谈的挚友。他们的精诚合作，使得明军的火炮制作有了质的飞跃。

    自宁远大捷后，孙元化深得重臣孙承宗的赏识，不断受到提拔。而在这一期间，他的老师徐光启却被下放去主持屯垦，徐光启是东林党的同情者，但对东林党人那种偏执过激、拉帮结派的行为也不赞成，所以一直和东林党人保持距离。魏忠贤误以为他受到东林党人的排挤，予以拉拢，给他加官晋爵。但他不肯同流合污，这就激怒了阉党，遭到下放。

    这一时期，孙元化在孙承宗的重用下，面对骁勇的后金铁骑，创造了步炮协同的战术，充分发挥火炮的优势，取得了驰救开平、收复建昌的重大胜利，他也因功升至兵部主事。

    崇祯皇帝继位，很想当个中兴之主，果断地铲除了魏忠贤的阉党，大量起用东林党人入朝为官，同时也重新起用了辞职回家的袁崇焕；孙元化也得到重用，升至登莱巡抚。

    登莱地区的战略地位，对大明异常重要，它是紧靠渤海湾、毗邻京畿的要地，海湾对面就是后金的辽东。谁控制了这块要地，谁就能控制京城。所以这儿一直驻有重兵。孙元化到任后，立即把有限的资金用于装备的改造上，进口和自制了不少新式火炮。同时，他还邀请了葡萄牙籍的教练训练他的部队。他还具备战略眼光，增添了不少配备西洋火炮的新式战船。他在驻守山海关时，曾对祖大寿说过，如果能在登莱训练一支装备火炮的新式舰队，时机成熟时，配合关东铁骑，从海上对辽东予以夹击，就可以一举平定后金。然而，孙元化的宏伟规划和强军之梦，很快就被击得粉碎，以悲剧收场——因为袁崇焕错误斩杀了毛文龙。

    袁崇焕无疑是明朝优秀的统帅，练就了一支军纪严明、能征善战的辽东野战部队，此举证明了他的治军之才。但他致命的弱点，是胆子过大，急于求成。

    袁崇焕为了表达先皇知遇之恩，提出了五年复辽的不现实的激进计划。崇祯皇帝和袁崇焕进行了一次彻夜长谈，赐给他先斩后奏的尚方宝剑。袁崇焕就是用这把尚方宝剑，杀掉了尾大不掉的皮岛守将、平辽总兵毛文龙。

    毛文龙年轻时从军关东，因为骁勇善战而受到统帅王化贞的赏识，提拔为“游击”。王化贞兵败努尔哈赤，全军覆没，毛文龙带着二百多人败逃到鸭绿江口的皮岛，很快以帮会手段把部队扩展到两万多人。他经常对后金进行骚扰，甚至一度从后金手里收复了辽东的军事重镇镇江。努尔哈赤和皇太极都对于善打游击的毛文龙束手无策。毛文龙以此成了独霸一方的土皇帝，这支部队也成了他的私人武装，根本不听明朝调遣。

    袁崇焕镇守宁远遭到围困时，毛文龙非但不肯出兵增援，而且趁机走私，虚报战功，骗取军饷。袁崇焕有自己的考虑，按收复辽东的计划，他要把皮岛的守军完全掌控在自己手中，形成对后金的夹击之势，极其果断地私杀了毛文龙。

    袁崇焕杀了毛文龙后，却并没能控制皮岛。他不了解毛文龙和部下的关系，他们绝非上下级那么简单。在毛文龙的部下看来，袁崇焕杀的不是一个犯错的上级，而是为他们着想的干爹和大哥。虽说袁崇焕杀了毛文龙后，按时发给军饷，但袁崇焕切断了走私的途径，那点军饷岂能和暴利的走私相比？所以没过多久，皮岛就发生哗变，一部分人叛逃后金，一部分人离岛流窜成了海盗，以致解除了皇太极的后顾之忧。后来