邦获戾大国，自速兵祸，栖身孤城，危迫朝夕……如念蒙丁卯誓天之约，恤小邦生灵之命，容令小邦改图自新，则小邦之洗心从事，自今始矣。必yù穷兵，小邦理穷势极，以死自期而已”云云。皇太极见朝鲜君臣求和之切，毫无斗志，乃对其迫降，下令清军包围南汉山城，伐木列栅，绕城驻守，山城内粮草断绝，不得不杀马充饥。各路勤王军队也被清军击败，朝鲜君臣只有坐困孤城。仁祖曾经爬到南汉山城的南门，看到城下清军黑压压一片，不禁长叹。

    清军在望月峰上升白旗书招降二字，又致书仁祖，令其出城投降。仁祖则复书“重围未解，帝怒方盛”，所以不能出城请降，“古人有城上拜天子者，盖以礼有不可废，而兵威亦可怕也……”。见朝鲜方面还在纠缠于出城投降的细节，不耐烦的皇太极下令用火pào攻城，同时清军又攻占了江华岛，俘虏王妃、王子、宗室76人，消息传来，见大势已去，仁祖只好求和。1637年正月三十日，仁祖率领群臣出南汉山城，徒步前往汉江东岸的三田浦清营拜见皇太极，伏地请罪。皇太极降旨赦之。双方筑坛盟誓，朝鲜去明年号，缴纳明朝所赐诰命敕印，奉清朝正朔，定时贡献，并送质子二人。此外，朝鲜朝廷中主战最坚决的洪翼汉、尹集、吴达济三人被清军索要，在沈阳就义，号称“三学士”。此役为朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。清朝班师途中顺势攻陷皮岛，拔除了明朝在辽东沿海的最后一颗钉子。

    丙子虏乱之后，朝鲜成为清朝的附属国。世子李长居沈阳，另外一质子则由凤林大君和麟坪大君轮流担任。同时朝鲜还要岁贡黄金百两、白银千两、白苎布200匹、各色绵细2000匹、各色细麻布400匹、各色细布万匹、米万包等等。具有高度发达的儒家文明、以“小中华”自居的朝鲜沦为落后的山林狩猎民族建立起来清朝的藩属国，在当时的朝鲜是令君臣黎民都痛心疾首的事情，丙子虏乱对朝鲜社会、文化的冲击非常大。国王和两班的权威一落千丈。清朝的征索也加重了朝鲜的负担。经济掠夺、政治欺压、文化差异，使得终朝鲜之世，思明反清的情绪一直都是社会思潮的主流。

    丙子虏乱之后，李朝开始了社会恢复时期。在战争中遭到破坏的汉城宫室和城防建筑得到了修复。在最主要的粮食产地，南方的全罗、庆尚、忠清三道（三南），实行了新的田税法。同时允许人们纳粮赎罪。国防方面，以海防（防日）和北防（防清）为重点，设立了总戍厅和守御厅。政治方面，以金自点为首的洛党开始得势，朝鲜又陷入无休无止的党争之中。

    仁祖二十七年（1649年）五月八日，李这位经历曲折的朝鲜国王去世于昌德宫之大造殿，在位二十七年，春秋五十五。清朝赐谥为庄穆，但是朝鲜并不把清朝当作真正的宗主国，因此终李朝之世，此谥号以及清朝赐予李朝各国王的谥号，都不为朝鲜所用。仁祖初葬于坡州北云川里，后在英祖年间移葬jiāo河长陵

    孝宗宣文章武神圣显仁明义正德大王李

    李（16191659），字静渊，号竹梧，潜邸时所称

    万历四十七年（光海十一年，1619）五月二十二日生于汉城庆幸坊本宫（仁祖潜邸）。为仁祖大王次子。天启六年（仁祖四年，1626），七岁的李被封为凤林大君。

    1636年的“丙子虏乱”之后，李和哥哥昭显世子李、弟弟麟坪大君李都被清军掳到沈阳，当了很久的人质。清朝入主关内之后，1644年11月9日，清朝摄政王多尔衮在北京紫禁城武英殿召见作为人质的昭显世子和凤林大君，说“未得北京以前，两国不无疑阻。今则大事已定，彼此一以诚信相孚。且世子以东国储君，不可久居于此，今宜永还本国。凤林大君则姑留与麟坪大君相替往来……”。同时，清朝还宣布减少朝鲜的岁贡币物。