到皇太极手里，他感到宁c锦前后c腹背受敌，不得不迅速从宁远撤军。

    六月初三日，皇太极向锦州城发起进攻。

    初四日，皇太极攻城不下，遂命撤军回营。明总兵赵率教疏报：此役后金兵伤亡“不下二三千”。明镇守太监纪用奏报：“初四日，奴贼数万，蜂拥以战。我兵用火炮c火罐与矢石，打死奴贼数千，中伤数千，败回贼营，大放悲声。”

    初五日，凌晨，天聪汗皇太极从锦州撤军。

    初六日，辽东巡抚袁崇焕上锦州报捷疏言：

    “孰知皇上中兴之伟烈，师出以律，厂臣帷幄嘉谟，诸臣人人敢死。大小数十战，解围而去。诚数十年未有之武功也”

    宁锦之战，后金军攻城，明辽军坚守，凡二十五日，宁远与锦州，以全城而结局。明人谓之“宁锦大捷”，载入中国战争史册。

    熹宗崩，崇祯即位，魏忠贤被诛。朝臣纷请召袁崇焕还朝。崇祯元年1628年四月崇祯任命袁崇焕兵部尚书兼右副都御史，督师蓟﹑辽，兼督登﹑莱﹑天津军务。七月袁崇焕入都，十四日崇祯帝召见平台。袁崇焕慷慨陈词，计划以五年时间恢复辽东，并疏陈方略，皇帝大喜，袁崇焕复奏掣肘，袁崇焕奏曰“以臣之力治全辽有余，调众口不足。一出国门，便成万里。嫉能妒功夫岂无人即不以权力掣臣肘，亦能以意见乱岂臣谋”。崇祯纪事二十四日崇祯赐崇焕尚方宝剑，便宜行事。袁崇焕疏谢并陈方略,崇祯赠蟒玉银币,崇焕辞莽玉不受。

    袁崇焕于崇祯二年1629五月二十五日自北汛口开洋出海，经大王山风中岛松木岛小黑山大黑山猪岛蛇岛虾蟆岛，二十八日泊双岛。二十九日，崇焕登岛岭，谒龙王庙。当晚，毛文龙至。

    六月初四，袁崇焕颁东江三千五百七十五员名赏，军官每员自三两至五两，士兵每名一钱。并将饷银十万两发于东江。袁崇焕传徐旗鼓王副将谢叁将商谈。随后要命令毛文龙，今后旅顺以东公文用毛文龙印，以西用袁崇焕印。又命令制定东江营制，同时命令准备收复镇江旅顺。毛文龙均不同意。

    六月初五，袁崇焕传东江各兵登岸，较射给赏。毛文龙问“袁崇焕何日行”。袁崇焕云：“宁远重地，来日行。今邀贵镇岛山盘桓，观兵角射。”又说：“来日不能踵拜，国家海外重寄，合受余一拜。”交拜毕，登岛山。谢叁将暗传合营兵，四面密布，将文龙于随行官百余员，绕围内，兵丁截营外。袁崇焕询问毛文龙随行各官姓名，俱曰姓毛。毛文龙曰：“俱是敞户小孙。”袁崇焕曰：“岂有俱姓毛之理似尔等如此好汉，人人可用。我宁前官兵，俸粮多于尔等，倘然不能深饱暖。尔等海外劳苦，每月领米一斛，且家人分食此米，言之可为痛心。尔等亦受我一拜，为国家出力，此后不愁无饷。”各官垂泣叩首。

    随后对文龙说：“余节制四镇，严海禁者，恐天津莱登，受心腹之患。今设东江饷部，钱粮由宁远运来，亦无不便。昨与贵镇相商，必欲取道登莱，又议移镇，定营制，分旅顺东西节制，并设道厅，稽兵马钱粮，俱不见允。岂国家费许多钱粮，终置无用余披沥肝胆，讲至三日。望尔回头是岸，谁知尔狠子野心，欺诳到底，目中无我犹可，圣夫子英武天纵，国法岂能相容”说完，向西请命，缚毛文龙，去冠裳。毛文龙尚倔强，不肯就擒。袁崇焕又说：“尔疑我为书生，不知我乃朝廷一员大将。随即颁布毛文龙十二条罪名,并对东江各官说：“毛文龙如此罪恶，尔等以为应杀不应杀若我屈杀文龙，尔等就来杀我”。来官俱相对失色，叩首哀告。毛文龙语塞，叩首乞生。袁崇焕说：“尔不知国法久了，若不杀尔。东江一块土，以非皇上有也。”请尚方剑，合水营都司赵不歧，何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑斩毛文龙首级于帐前。又令将毛文龙首级，备好棺木安葬。围外兵丁