从镰仓幕府足利幕府德川幕府，确实存在中央集权化的长期趋势，但总的来说，如果农业社会的基本经济结构不变，封建贵族割据的局面还将在日本持续很长时间。为了管理自己的领地，大名拥有家臣武士。武士有大名分配的土地知行地，作为低层贵族，武士不象大名那样具有性，他们集中居住在城市，并不实际占有土地，而是领取由领地面积折算的实物俸禄，通常是米。他们更类似于今天的军官和管理人员。

    大名的领地细分为封建村落，由农民中选拔的村役人和领主派出人员共同管理。城市里也和乡村一样，划分为小单位管理。具体到基层，村落和都市均设立了五人组制度，组之间相互检查扶助，负连带责任。大名通过检地，详细掌握了各部分领地的面积c出产量等数据，并为每一块土地指定了耕作者。然后以检地帐作为征收租贡的基准，全部占有农民除劳动力再生产以外的剩余。领主依靠庞大的武士军队，通过武力收夺农业剩余。为了防止农民造反，军事贵族建立了严格的领主武士农民身份制度，贵族处于绝对统治地位。在生产者中，农民的地位最高，依次是工c商等。阶级身份与职业完全对应，任何人都不能改变职业。除此之外，被统治阶级还受到许多其他管制。如农民拥有武器c离开土地c买卖土地都是被禁止的，具体如何耕种c种什么农作物都必须服从规划，衣食住行等方面也有严格的礼制，不可逾越。工商业者同样受严格管制，如不得住在农村，在农村的商业活动方式必须符合规定等。至于对外贸易则实行一贯的锁国政策，只有幕府有权利进行小规模的垄断经营。宗教信仰作为文化力量自然是受严格管制的范畴，只允许神道教和佛教存在，基督教徒遭到逮捕和屠杀。不过，必须指出，虽然幕府把儒教朱子学作为治国的意识形态，虚设的天皇朝廷也是仿照中国模式建立的，但儒教朱子学对占统治地位的武士没有行为规范，所以日本并非儒教国家。

    农业时代的农民拥有小块耕地c农具，自己经营，交纳领主的租贡。由于生产力低下，单个农民力量弱小，需要组织起来，对公共所有的水利设施c山林c原野进行开发利用和管理，方能维系生产。山林c原野等地区无法划分给个人使用，于是，耕地具体划分到每个农户，但山林c原野等辅助部分则作为公地使用。这种结构与作为欧洲中世纪封建制基础的格鲁曼共同体非常相似。共同体不仅是生产组织，还是共同防卫的自治组织和互助组织。由于战乱不止，天灾不断，村落这种小组织无法自立，民兵也无法与专业武士相对抗，所以小型村落只有合并成更大的组织才能支付专业军队的费用，并在灾害到来时自救，而专业军队又逐步具备了对外和对内的两种职能，最终取得了统治地位，封建制度就此产生。

    封建时代的农民土地所有权是不完整的，领主对土地有领有权，对农民的耕种经营有很多限制。土地的生产物大部分属于领主，是收益权限制。农民不能自由买卖和继承土地，是处分权限制。农民可以耕作什么不能耕作什么也有限制，即使用权限制。此外，土地的耕作受共同体的约束也很强，如耕作方式，何时播种，何时收获，需要共同体共同行动。由于土地不能自由买卖，农民为了防止土地越分越小，采用长子相继制，即长子继承全部土地，次子被迫自立。封建制度下的手工业和农业紧密结合，没有分化，主要以农户的自给自足的形式存在。但因为领主和武士集中居住在城市，为了满足贵族需要，城市集中了少数专职的工商业者，受领主的保护和统治。与农业类似，虽然德川时代允许手工业者自由营业，但考虑到生产力的水平和经营风险，手工业者同样难以自立，且农民的购买力很低，消费对象仅集中于少数贵族，手工业者结成组织进行稳定生产比较有效率。手工业者组织的结构与农民基层组织类似，同时也是领主管理和支配职