在明朝正德年间，最令沿海百姓恐惧的海盗是佛郎机人，也就是来自欧洲的葡萄牙人。

    大航海时代下，所有的远洋航船都是武装帆船，随着贸易船只的增多，海盗也会接踵而至，商人与海盗的船上都携带许多武器，根本无法加以区分，再加上明朝沿海地区承平日久，城镇与村庄基本没有城墙，无法有效地保护当地百姓，因此城镇与村庄居民的财产与儿女就变成了海盗与破产商人最快、最便捷的收入来源。

    比如说，几名大明商人欠葡萄牙人钱财没有及时归还，葡萄牙人为了弥补损失，选择的手段就是劫掠附近的村庄。

    后来到了嘉靖年间，倭寇逐渐成为大患。名臣朱纨成为第一任提督闽浙海防军务巡抚浙江大员，负责整顿闽、浙军务，并调兵征讨倭寇。

    那时，朱纨所面对的并非单一的倭寇，而是由倭寇、葡萄牙殖民者、中国海盗集团所组成的混合体。其成分复杂，甚至包含日本和尚和黑人。

    这些“倭寇”的战斗能力与装备精良程度远远高于日本本土的军队，其装备有中国海盗所喜爱的长枪、镖枪、火铳，有日本人的倭刀、和弓，还有葡萄牙人的佛朗机炮和鸟铳。

    朱纨上任后，到福建巡视海防，巡视的结果让人痛心疾首。譬如当问及负责海防的总督备倭官黎秀军队情况时，黎秀的表现是：问多少士卒不知道，问多少战船不知道。朱纨又让他报告具体名册，这才发现负责福建五水寨的五名把总官竟缺额两名，而其他人员都是照旧册抄录，并未重新造册。

    海防水师的粮饷奇缺，造成了官军大量缺额。战船的船料银比大量侵吞，能出战的船只所剩无几。海防线上的衙门、瞭望墩台等全部倒塌。

    面对日益嚣张的倭寇，朱纨决意整顿海防，他采取了四项措施：

    一、统掌兵权，明确各官职权。朱纨将沿海的各个区域划分成各个不同的“信地”，每一块“信地”都有专门的守巡官员负责。以福建都指挥卢镗专管海上剿倭事宜。

    二、建立保甲，加强沿海居民的自卫能力。朱纨将福州、泉州、兴化三府沿海地方的州县居民每十家编为一甲，甲内的各家轮流值班，以防一家挟制其余各家。甲内的居民，每人都要置办一两件锋利的兵器，用于各自的随身防护。一旦遇到倭寇，鸣锣为号，邻村邻乡，各执器械，协同擒拿。

    三、禁渡船，严海禁，斩断番商、倭寇、走私者的增援与补给。朱纨认为，彰、泉地方的奸豪与乡官是海道不靖的弊源。要靖海道，就必须先除其弊源。地方上见到往来的大船，一律收入水寨。尺寸较小的渔船可以继续打渔为生。

    四、整顿海防，填补士兵、战船的缺额。针对沿海战船严重缺额的情况，朱纨首先清查、修补破损的船只，然后购买查禁的双桅帆船，充作军舰。对于士兵的缺额问题，朱纨采取招募乡兵的方式来解决。

    通过整顿，朱纨逐步培养出了一支训练有素的水师。这支水师首次配备了“福清捕盗船只”这样的新制战船，它还有一个闻名遐迩的称谓，叫“福船”。

    朱纨在随后的双屿港之战、浯峪之战、走马溪之战接连取得大胜，把葡萄牙人清除出闽、浙沿海，沿海的秩序在朱纨的努力下重新得到恢复，倭乱的势头也被抑制下去。当地百姓重新过上了和平宁静的生活。

    但是朱纨的政策极大地触犯了沿海世家大族的利益，于是这些世家大族纷纷与朱纨作对。另一方面，朱纨在朝中的支持者夏言在与严嵩的斗争中失败，出于政治上的需要，严嵩竭力地削弱朱纨的权力。不久之后，代表闽浙豪门世家利益的陈九德借朱纨将生擒海盗斩首一事，弹劾朱纨刑戮过重，朱纨因此被革职待查。

    后来，杜汝帧报告称先前朱纨俘斩之人是满剌加国商人，并非倭寇，朱纨不分