万檄总兵姚广武、张从龙配合水陆各军，攻打东捻义军。赖文光被俘，。东捻军全军覆没。张之万因镇压捻军有“功”，赏头品顶戴花翎。

    1866年9月，联军突破颍河上游贾鲁河防线。曾国藩因围剿不力被清廷撤免钦差大臣，李鸿章继其任。

    1866年9月，左宗棠接任陕甘总督，左宗棠深知回民军和捻军联合后更加难以对付。因此，他向清廷进陈方略说：“方今所患者，捻匪回逆耳。以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；以用兵次第论，欲靖西陲，必先清腹地，然后客军无后顾之忧，饷道免中梗之患。”又说：“进兵陕西，必先清关外之贼，进兵甘肃，必先清陕西之贼，驻兵兰州，必先清各路之贼，然后饷道常通，师行无梗，得以一意进剿，可免牵掣之虞。”这个方略的核心是“先捻后回”、“先秦后陇”，关键则是“不令捻回合势”。

    1866年10月，捻军分东西两路，韩奇峰率西捻军入西北，联合回民起义，直扑西安，歼湘军十三营。

    1866年10月，为了彻底摆脱清军的围攻，捻军在河南许州（今许昌）分成东西两支。东捻由赖文光率领，约10多万人，继续战斗在中原地区。西捻由张宗禹率领，约6万人，挺进西北，与西北回民起义军会合，目的是使两军成犄角之势，互相支援。没料到，在总形势不利的情况下，兵力分散，恰恰给敌人留下了各个击破的空子，清军采取“扼地兜剿”战略，以绝对优势的兵力，把捻军逼入险地包围。然后，四面兜剿。结果，东捻军先后在河南、湖北、山东寿光等地多次失利。西捻军转战于直隶、山东、河南一带，力量逐渐削弱。

    捻军方面虽然取得了一系列胜利，但长时间不停顿地流动作战，使部队得不到必要的休整和补充，同时又得不到任何友军的支援，战略上的被动局面日益严重。捻军领袖赖文光等深感“独立难支，孤军难立”，试图改变这一被动局面，于是在1866年10月决定将捻军一分为二，由张宗禹、张禹爵、邱远才等率部分捻军西进陕甘，联络陕甘回民起义军，以为犄角之势，是为西捻军。由赖文光、任化邦、李允等率部分捻军留在中原地区，与敌周旋，是为东捻军。

    西捻军约有3万余人。在张宗禹等的率领下，1866年10月由豫东经许州、洛阳、陕州（今三门峡市西）、阌乡（今灵宝西北），于11月9日进入陕西华阴县境。署理陕西巡抚刘蓉当时正率14万湘军在陕甘交界处堵击回民起义军，在得知捻军入陕后，感到形势严重，请求清政府速派援兵。但左宗棠（刚被任命为陕甘总督）借口筹备粮饷，停兵湖北，踌躇不前。清军援军难以很快入陕，为西捻军的作战行动提供了有利条件。

    西捻军进入华阴后，立即西进华州（今华县）、渭南。刘蓉不得不将所部东调，对付捻军。11月14日，提督刘厚基率兵3000人由渭南东进，在赤水镇与捻军遭遇，一触即溃，败退渭南。25日，知府唐炯指挥湘军各营，分兵三路再次发动进攻。捻军于华州敖水东面的树林里设伏，大败湘军，歼敌近千人。

    初战获胜后，西捻军乘胜西进，于12月14日进抵西安东面的灞桥镇。然后折向东南，占领蓝田县的泄湖、蓝桥等地。为了调动西安清军，后又佯趋商州（今商县）、雒南（今洛南）。待清军东向追击，捻军又北走渭南，并虚造东攻潼关之势。当湘军北上堵截时，捻军又迅速西进，摆出攻打西安的架势，并在灞桥十里坡周围村庄设下伏兵，布好伏击圈，等待敌军到来。与陕甘回民军相互配合，取得灞桥伏击战（参见灞桥之战）、进军陕北等作战的胜利，后闻东捻军被围，转兵东进救援，经山西、河南、进入直隶，于饶阳（今属河北）之战失利后，继续转战于山东、河北地区。但东捻军转战于河南、湖北、山