清军攻陷安徽太平天国重镇安庆和庐州（今安徽合肥）后，捻军因失去太平军为依托，处境困难。张宗禹等部自淮北西入河南﹑陕西，与远征西北的太平天国陈得才等军会合。

    1862年秋以僧格林沁为首的清军大举进攻皖北。

    1862年5月，陈玉成放弃庐州北走寿州，被地主团练头子苗沛霖诱捕送往清军胜保大营，6月4日在河南延津遇害，年仅26岁。陈玉成的牺牲和庐州的失陷，使太平军在皖北的防务瓦解。太平天国只能依靠李秀成等新开辟的苏浙根据地支撑危局。

    英王陈玉成，太平天国后期主要将领，早年随杨秀清打破江南大营，后与李秀成又二次破围，三河镇灭湘军悍将李续宾部，安庆之战失败后，被苗沛霖出卖被俘。被俘后，玉成大骂胜保“尔胜小孩，在妖朝第一误国庸臣。本总裁在天朝是开国元勋，本总裁三洗湖北，九下江南，尔见仗即跑。在白云山踏尔二十五营，全军覆灭，尔带十余匹马抱头而窜，我叫饶你一条性命。我怎配跪你？好不自重的物件！”又喝道：“大丈夫。死则死耳，何饶舌也！”慨然就义。据说，玉成被凌迟，行刑时“颜色不变，屹立受刑，肉尽而尸不仆。第一刀下去后，玉成只说了句“好快的刀”，为了增加痛苦，胜保命人中间还给玉成喂饭，凌迟持续了三天，玉成乃死，死后首级传视四方，刑场上只剩下了一具骷髅，玉成之死，堪称惨烈之首。

    1862年（同治元年）6月，洪秀全命令各地太平军回援天京，太平军集结二十万人兵力，10月起大战湘军四十多天，未能取胜。12月，李秀成奉命北渡长江。同年李鸿章攻江苏南部，左宗棠攻浙江。有一个外国侵略者来南京向洪秀全建议，协力击败清军之后，平分中国。洪秀全当即严词驳斥：“我争中国，意欲全图；事成平分，天下失笑；不成之后，引鬼入邦。“这充分体现了其爱国主义立场。

    1862年7月，天京外围形势更加严重。7月11日，西南屏障宁国府被敌攻破。杨辅清、洪仁玕从皖南回援天京，夜袭湘军，也被湘军击退。8月6日，洪秀全严诏催逼李秀成赶快回援。9月14日，李秀成由苏州出发，督率13王，领兵10余万，在东坝会齐，回援天京。

    十月，捻军蓝大顺由山阳、商州向西坪进发，与张宗禹会合。西坪，是清军多隆阿大营转运重地，位置十分重要。清廷命张之万严防。张之万遣乡勇会同张曜进攻，败张宗禹于重阳店，乘机袭占西坪，蓝大顺败走。十二月，张之万督师洛州，镇压皖、楚捻军。

    10月13日，天京外围的攻守战开始。李秀成率军与天京城内守军配合，对湘军发起猛攻。湘军坚壁固守。11月3日，太平军集中力量攻湘军东路，轰塌曾国荃雨花台营附近的湘军营墙两处。湘军拚命抵抗，太平军往返冲杀五六次，终不得入。太平军又用地道向敌进攻，敌人以挖对挖，每挖通一处地道，或熏以毒烟，或灌以秽水，或以木桩堵洞口，使太平军的地道连连失效。

    11月26日，李秀成、李世贤围攻雨花台曾国荃军营月余不下，只得下令撤围。李世贤率部退秣陵关，李秀成率部入天京。至此，回援天京的作战完全失败。天京解围战失败后，李秀成被“严责革爵”。不久，洪秀全责令他领兵渡江，西袭湖北，企图调动天京围敌。1862年12月，第一批太平军数万人从天京下关渡江，占含山、巢县、和州。

    西北回民大起义始于同治元年（1862），规模之大，遍及陕西、甘肃（包括宁夏和青海东部）以及新疆各地。同治元年春，在太平军扶王陈得才部联合捻军进入陕西的直接推动下，关中各地回民纷起响应。其主要领导是赫明堂、任武，短时间内形成了十八大营，有于彦禄等18元帅。回军曾包围西安达一年多之久，还曾包围了潼关，一度威胁着陕晋豫的咽