从那以后，傅青主继续在民间行医，同时著书立说，直到四十九岁的时候，发生了著名的“朱衣道人案”，所谓朱衣道人就是傅青主的别号，傅青主因此被捕入狱。

    事情发生的起因是这样的，当时在南方还有南明永历政权，从事反清运动（后来被吴三桂给镇压了），永历政府派了一个叫宋谦的人到山西来组织起义，此人来到山西后，广泛联系山西反清人士，准备伺机起义，宋谦曾经前来见过傅青主。

    本来宋谦和各界人士约好在三月十五日起义，但他在三月十二日路过武安县的时候，有个捕头发现宋谦骑着骡马，并随身带着弓箭，形迹可疑，就报告了县衙，结果县衙派兵丁在十三日凌晨将宋谦抓获，在严刑拷打下，宋谦变节，供出了起义的一些组织者，这其中就有傅青主的名字，于是河南巡抚（此事发生在晋冀豫交界）上报朝廷，不久，朝廷下令，将宋濂正法（这是个很愚蠢的命令），捉拿其他人等。

    于是傅青主及其儿子傅眉入狱。

    整个案件的过程其实我们能够从普通文献里见到的记载很少，大家历来说法不一，但幸运的是，1963年在北京中央档案馆的清朝档案中发现了“朱衣道人案”的审讯记录和判决题本，这样，我们就看到了真实的情况，对事情有了深入的了解。

    傅青主在被捕后，“容色自如”，虽严刑拷打，仍“言语不乱”，显示了大丈夫本色。

    在审讯中，傅青主面对审问，从容应对，一口咬定没有参与，拒绝供出其他人，因为知道宋谦已经被处决，所以在应对中提出了一个要求：“若将姓宋的提来，与山（傅青主自己，傅山）杂在乱人中，他若认识得山，山便情愿认罪。”（以上为审讯记录原文）

    审讯的人气得脑袋都快爆了，哪位王八蛋下令先把宋谦杀掉的啊（皇上下的令），现在死无对证啊。

    没办法，只有严刑拷打，于是大刑伺候！

    这个案子一直牵动到清朝的最高统治者，顺治皇帝几次朱批，指示如何进行审理，可见清政府对此十分重视。

    可是，却一直从傅青主的嘴里得不到任何有价值的内容。

    最后，傅青主说宋谦来拜访他的时候他拒绝了，没有见面，当时有山西布政司经略魏一鳌正巧来傅青主的家里给他父亲求药方，所以亲眼看见，可以作证。

    傅青主就是这么随口一说，其实哪有这事啊？

    那么，如果衙门去询问魏一鳌岂不就暴露了吗？

    实际上，傅青主心里是有数的，能够在危急关头托身的朋友是谁，他自己心里应该很清楚。

    果然，衙门派人到布政司魏一鳌那里询问。

    魏一鳌听了，连一点犹豫都没有：“没错儿，当时我就在傅青主的家里，亲眼看见的，他们没有见面。”

    什么是真正的朋友？可以将生死相托者方是！

    这事儿又被汇报给朝廷，北京那边在八月由皇上下旨，由刑部尚书任俊、都察院左都御史龚鼎孳、大理寺卿尼堪等十五名大臣会审（级别很高了），结果又是搞不出了结论，最后还是告诉下面，严刑逼供！

    在遭受酷刑的时候，傅青主还曾经以绝食来进行抗争，他曾绝食九日，可见其不屈的意志！

    傅青主是六月份被捕的，期间受尽了折磨（大家可以想象出来，清朝的酷刑是比较多的），严刑拷打甚至摧毁了他的健康，但始终不曾低头。

    他还在监狱里写下了许多诗篇，在诗中，他曾经用坚硬如石的老椿树来比喻自己：“狱中无乐意，鸟雀难一来。即此老椿树，亦如生铁材。高枝丽云日，瘦干能风霾。深夜鸣金石，坚贞似有侪。”其坚毅乐观之气节，令人赞叹！

    要是我们自己碰到这种情况不知道会表现如何，您可以设想一下