与自己的父亲和哥哥以自保为目标不同，噶尔丹始终以统一蒙古，称霸中亚，建立一个与清、俄等量齐观的大帝国为理想。甚至在一些史料中，还看到他有“促夏执金，混为一尊”
有这样的目标，他就不得不准备挑战清朝这个庞然大物。
在与清帝国正面对决前的11年间，他按着自己的理想在一步步前进。
1679年，噶尔丹收到了老师五世达赖的亲笔信，而送信者是一个伊斯兰教长，叶尔羌汗国白山派的和卓伊达耶提拉。老师在信中要求噶尔丹帮助这位和卓回国，并确立其在那里的统治。噶尔丹明白，老师决不是要自己助人为乐，而是用这个人来给自己当钥匙，打开一统天山南北的大门。
但叶尔羌汗国毕竟以经立国160余年，能不能一举征服还是未知数。噶尔丹先做了试探，派大将阿拉达尔和硕齐率兵3万攻入叶尔羌汗国东部，连下哈密、吐鲁番、察力失等城，各城总督纷纷投降，叶尔羌一半的领土卷席而定。
看到对方果然是个软柿子，噶尔丹信心大增，1680年，亲率12万大军以伊达耶提拉为前导，兵分三路攻向叶尔羌。由于有白山派教徒的策应，除了在喀什噶尔和首都叶尔羌城受到激烈抵抗外，其余各地均是不战而降，噶尔丹俘虏了叶尔羌汗伊斯玛依勒和所有汗室成员，将他们囚禁在伊犁，立阿卜杜·里什特为傀儡可汗，封伊达耶提拉为“阿巴克”（首领），作为自己在南疆的代理人。
察合台汗国的继承者叶尔羌汗国至此灭亡，成为每年向准噶尔缴纳10万两白银、24万斤麦以及其他贡赋的后勤基地。
也在同一年，噶尔丹向清廷派出使臣，说明自己受达赖喇嘛册封为“汗”，希望得到清廷的承认。康熙皇帝虽然认为“从无以擅称汗号者，准其纳贡之例”，但此时三藩之乱正如火如荼，实在无暇西顾，便以“特遣使入告，应准其献纳”为理由“从之”
而轻易地统一了天山南北，并看到清廷无意西进的噶尔丹，继续对周边地区进行扩张。
为了增强军队战斗力，噶尔丹更新装备和战术。他命工匠打造大量锁子甲，必须要求弓箭无法射穿，如做不到，便要处死工匠，这样的战甲所有战士人手一件。同时，制造和购买大量火枪，每当与敌交战，先用火枪射击，然后弓箭，最后再近身肉搏，同时用骆驼运载大炮，组成随军炮队。
噶尔丹对自己“新军”充满信心，他踌躇满志，兵锋直指在僧格时不再甘为藩属的哈萨克汗国。
1681年，噶尔丹出征哈萨克。此时统治哈萨克的，是杨吉尔汗之子头克汗。他与准噶尔有杀父之仇，自然不能俯首称臣。可见噶尔丹来势汹汹，头克汗采取缓兵之计，亲自带少量随从面见噶尔丹，表示服从，并邀请其进入自己的首都塞里木城宴饮。
噶尔丹原本就没有把哈萨克人放在眼里，见其服软，不疑有它，率军进入塞里木城与头克汗把酒言欢。
岂料，头克汗虚与委蛇，只是为了等待援兵。到了夜间，准噶尔的士兵大部分都喝得的大醉，疏忽防范。从各地赶来的哈萨克骑兵立即将准噶尔军包围，不由分说，四面突击。而头克汗也指挥城中人马内外夹攻。
准噶尔军措不及防，火枪来不及装填，马匹也大多陷入雪坑，只得