在成吉思汗册封的三个汗国中，察合台汗国最为“多愁多病”，从一开始就充满了纷争和动荡。

    与普通老人一样，成吉思汗也十分疼爱自己的孙子。他的儿子虽然不多，但每个生育能力都很强，孙子多得记不过来，而最受钟爱的，便是察合台的次子莫阿秃干。

    察合台受封，建立察合台汗国后，将莫阿秃干指定为自己的继承人。莫阿秃干精明强干，又被祖父和父亲双重宠爱，原本是前途一片光明。

    岂料天有不测风云，在成吉思汗西征花剌子模的时候，年轻的莫阿秃干立功心切，战死在范延城下。

    失去爱孙的成吉思汗盛怒之下亲自领兵上阵，攻陷范延城后下令“不赦一人，不取一物，概夷灭之”。浩劫过后的范延城得名“卵危八里”意为“被诅咒之城”，数十年内此地毫无生气，成为不毛之地。

    但再激烈的复仇也不能让死者复生，莫阿秃干的死，使察合台汗国的继承人问题留下了隐患。

    1241年，察合台病故，将汗位传给了莫阿秃干之子合剌旭烈。察合台的做法作为父亲、祖父并没有错，所谓爱屋及乌，这是老人对死去爱子怀有愧疚的补偿。

    但作为一个汗国的可汗，他这么做就是不顾大局，这种温馨的亲情在政治舞台上终究不为人所容的。

    合剌旭烈刚当了五年可汗，在1246年继位的蒙古帝国第三任大汗贵由便借口不当舍子传孙，将他废黜，改立与自己友善的察合台第五子也速蒙哥为察合台汗国之汗。

    贵由汗去世后，也速蒙哥与窝阔台系诸王一起反对选立蒙哥为大汗。这是典型的政治押宝，押中自然会钵满盆溢，可一旦押错就会血本无归。

    结果，也速蒙哥满盘皆输，蒙哥还是成为了新任大汗。刚一即位，便命拥护自己的合剌旭烈回国复位。合剌旭烈在途中病逝，其妻兀鲁忽乃回到阿力麻里，出示大汗诏书，杀也速蒙哥，自任监国。

    蒙哥汗去世后，两个弟弟忽必烈和阿里不哥为了争夺大汗宝座兵戎相见。而察合台汗国也出现了两个阵营，兀鲁忽乃监国支持阿里不哥，而察合台的另一个孙子阿鲁忽却倾向于忽必烈，最后阿忽鲁获胜，娶兀鲁忽乃为妻，成为了察合台汗国之汗。

    1265年阿鲁忽病故，他的儿子木八剌沙不经忽必烈承认便继承汗位。为了维护在中亚的统治，忽必烈遣莫阿秃干之孙八剌持诏回国继承汗位。

    岂料，八剌成功后很快便背叛了忽必烈，发兵从元朝手中夺取斡端（和田）、可失哈耳（喀什）地区。从此，察合台汗国从蒙古帝国中彻底分裂了出去。

    为了获得更大利益，八剌汗进兵伊儿汗国，结果遭到惨败。实力大损不说，自己也中风，失去了统治能力。窝阔台汗国可汗海都趁机介入，将察合台汗国变成自己的属国。

    八剌死后，其子笃哇在海都的支持下即位。海都认为忽必烈是蒙古人的叛徒，号召察合台系、术赤系蒙古诸王一致对抗忽必烈和伊尔汗国，誓约保持游牧生活与蒙古习俗。

    受了别人的恩惠，自然要有所表示。笃哇的察合台汗国也随即被海都所控制，加入到海都与忽必烈的战争当中。

    窝阔台、察合台两汗国在与元帝国的交战中虽然也曾一度取胜，但综合实力毕竟相差太远，最终在1301年遭到了决定性失败。混战中，笃哇膝上中箭受了重伤，海都更是负伤而死，军马辎重损失无算。

    与发誓保护蒙古传统的海都相比，笃哇要识时务得多，不想为了虚无缥缈的传统再浪费国力。现在见海都已死，便在支持海都子察八儿继承窝阔台汗国汗位后，胁迫其一起向元成宗铁木尔求和，停止了对元朝的敌对行动，从名义上尊其为宗主。

    当年，海都扶助笃哇继承汗位，但并没有将这兄弟国