江阴失守后，随着日军步步逼近南京，乌龙山炮台也一直处于最前线。由于炮台被赋予的主要任务是“用火力阻止江面西进敌舰”，故而乌龙山炮台在对扬子江的封锁作战及阻击日本海军第3舰队上起到了至关重要的作用。由于甲一台与龙台的炮火压制使得长江上的日本兵舰一度只得停留在炮击射程之外。

    在南京守城战开始的前几天，南京卫戍司令部又在龙台、虎台、甲一台、甲二台之上增设了“龙虎总台部”，黄永诚上校为总台长，总台副赵勋少校，以便统一指挥。然而12日下午战况恶化后，虽然江面无变化，日本兵舰仍在炮台最大射程以外逗留，但由于南京东、南方向的防御陆续被攻破，加之日军第16师团一部已越过甲一台的后背直扑南京城。乌龙山一带守备部队第2军团徐源泉部已退到乌龙山后心脚下。乌龙山炮台也就成了危局之地。

    随着徐源泉部撤走后，乌龙山要塞部队也开始准备毁炮撤去江北。黄昏时分，龙虎总台台副赵勋来到甲一台，告知部队“总台长已过江侦察阵地，同长官部也失去联系”。此时夜幕将临，东南方的枪声依然激烈，部队一时没有办法。而赵勋只是要部队“以保存人力为主，相机撤退到武汉要塞科报到”，说完便自顾自地下山去了。

    很多参加卫戍长官部会议的将领都和乌龙山炮台总台长黄永诚上校一样，只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。除教导总队和各部第一线部队还不知道情况外，其他消息灵通的各军师的后勤人员早已焚烧文件、物资，收拾起自己的紧要东西，奔向下关。

    第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所，教导总队桂永清开完会，首先奔赴驻于城内的直属团营和一个旅指挥所，传达了撤退的决定，要求：“各旅、团以及少数部队作掩护，其余分向下关、三汊河各自集结，用一切可以渡江的办法，横渡长江。除随身轻武器外，其他重武器、笨重装备、粮食、物资等，全部销毁。”

    这时，有些部队已先行动，又传中华门已失守，城内秩序大乱。桂永清回到富贵山地下室后，在参谋长室召集参谋处长万成渠和副官处长余易麟，说明情况后，即令副官处人员撤到三汊河等地，并指示参谋处只携带少数重要文件，其余全部销毁。吩咐完毕，又向参谋长邱清泉说：“我们一同马上走吧！”当时，紫金山主阵地的战斗，仍很激烈，光华门的谢承瑞团还在竭力反击日军的进攻。

    “你先走吧！我暂留下，再和各团、营通通话，研究一下撤退的办法。”邱清泉依然站着理他面前的一堆文件，冷静地对他说。“那也好，处理好后，你赶快到三汊河来。我们到达江北后，还要组织收容工作。”桂永清说完，立刻带领几名卫士和余易麟慌慌张张地离开了地下室，向三汊河奔去。

    桂永清走后，邱清泉叫卫士把一堆文件拿去烧掉，静坐在电话机旁，一支接一支抽着烟，有时两眼微闭，若有所思样。参谋处长万成渠则吩咐属下将机要文件和地图，必须烧了才能走。而作战课的底稿、地图又多，只得边查边烧，以至于富贵山地下室内不是焚烧文件的烟灰就是飘舞的纸张。

    教导总队第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。可当第3团团副彭月翔和旅部联系，方知胡启儒旅长已不在旅部。打探各方情况，才知部队已经撤退，城内军民一片混乱。团长李西开果断决定，即命令把指挥所转移到廖仲恺墓地南端的团预备指挥所重掩蔽部内，继续指挥战斗。

    持续到夜八时半，李西开和彭月翔正在议论战局，商讨打算，第6团团长刘子淑、第1团团长秦士铨