说司法总长朱深，朱推辞说：此案“现在尚没有交到司法界，所以不能过问”。经过严再三说明“文字狱”的厉害，最后，朱深也答应“维持”。

    经多方营救，而陈独秀又自始至终只承认散发传单，不承认传单内容为自己所撰，故9月16日，警察厅同意安徽同乡会以陈独秀胃病为由，保释出狱。陈出狱前具结道：“自被查拘，颇为觉悟，以后安心学问，并在北京就正当职业，以谋生计，不再作越出法律范围举动。”出狱当天，北大同学会召开欢迎会，欢迎陈独秀出狱。

    出狱后，陈独秀的行踪仍旧受到警察署的严密监视。据档案记载，一次，一名石姓警员因接到上级电话问询陈独秀是否在京时，因茫然不知而以“有失职责”给予记大过一次。

    1921年10月，在上海的陈独秀第二次被捕，同时被捕的还有正在陈家打麻将的高君曼、杨明斋、柯庆施及包惠僧。周佛海本来也在打麻将，但因包惠僧到来后被替下，与恋人杨淑慧离开陈家去了法国公园，才得以幸免。

    被捕后，巡捕房原本不知陈独秀的真实身份，因为陈自称王坦甫，包惠僧、高君曼等人也都用了化名。但此后，上海法院院长褚辅成及《民国日报·觉悟》主编邵力子到陈家拜访，被留在陈家的巡捕带到了巡捕房。褚辅成见到陈后，脱口而出：“仲甫，怎么回事，一到你家就把我搞到这儿来了！”于是陈独秀身份就暴露了。

    陈独秀此次被捕的罪名是编辑过激书籍，出版过激刊物。马林为陈独秀花钱请了法国律师，陈只被关了两天就出来了。开庭当日，李达、张太雷、张国焘和一些刚从莫斯科回来的青年团员雇了一辆汽车开到会审公堂。陈独秀上车时，几位青年团员用俄语唱起了《国际歌》。经过马林的努力，陈只被判罚五千元。

    1922年8月9日上午，上海法租界总巡捕房特别机关探目长西德纳、督察员黄金荣等包围陈独秀住处，将陈逮捕，罪名是家中藏有违禁书籍。据陈说，有人造谣中伤，“说我们得了俄罗斯的巨款”，于是听信谣言的“华探杨某……向我的朋友董、白二君示意要敲竹杠，……穷人无钱被敲，我当时只得挺身就捕”。

    开庭时，陈独秀的律师博勒律师辩护道：“捕房讲陈独秀是共产党，证据不足。陈独秀在著作中提到共产党，只是说说而已，并无共产党之实……陈独秀家中确实有《新青年》杂志，但他家仅有此书，并无印刷设备，因此也不违背法租界条例。”法副领事拿着一张条子问：“上次我们在陈家搜查到了陈独秀写的40000元收条，能说清此款用途吗？”博勒说：“该款是广东政府用来办教育的，陈独秀是原广东省教育委员长，由他经手拨给学校。”最后，法官判罚陈独秀大洋400元，由保人保出，所抄书籍，一律销毁。

    1932年10月15日晚，因患胃溃疡卧床在家的陈独秀被国民党政府逮捕。宋逢春回忆，陈独秀被捕后被押到租界巡捕房看守所，看到先行被捕的彭述之、宋逢春等人，还开玩笑说：“嗨，原以为就我一个人被捕，没想到你们都来了。这下我可有伴了，可以松快松快了。”谈及叛变出卖他的谢少珊时，陈说：“这孩子胆子小，上一回逮捕他就表现出来很慌张，很不成熟。”

    陈独秀被捕后，国民党许多省、市、县、乡的“党部”纷纷致电国民党中央当局，要求对陈“严惩”、“处极刑”、“明正典刑”、“迅予处决”。《中央日报》亦发表社评，宣称“反对并图颠覆国民党者，即为叛国”。

    营救陈独秀的亦大有人在：《申报》刊出蔡元培、柳亚子、杨杏佛、林语堂、潘光旦、董仁坚、全增嘏、朱少屏合署的《快邮代电》；傅斯年发表《陈独秀案》一文，说政府决无在今日“杀这个中国革命史上光焰万丈的大彗星之理！”蒋梦麟、刘复、周作人、陶履恭、钱