李世民三步并作两步奔向太极殿。他入了殿门，就见李渊正默默坐在那里看着自己，遂叩首涕泣道：“儿臣叩见父皇。”李渊的心态此时依旧难平，失声道：“二郎，你杀了大郎和四郎，他们可是你的亲兄弟啊！你若觉得杀得还不过瘾，不妨连我这把老骨头也杀了最好。”

    李世民抢前几步，扑入李渊怀中，恸哭道：“父皇这样说，儿臣真是百死难恕。其实大哥和四弟身死，儿臣并不知道。事先儿臣谆谆告诫手下，只许他们就地擒拿，不许伤及性命，然后再交给父皇发落。谁料想，局势一乱，儿臣也控制不住，竟然惹出了天大的祸事。说起来，这都是儿臣不好，请父皇重重责罚。”

    李渊看了一眼身侧的尉迟敬德，他从海池到这里，一直带领甲士环卫自己身侧，明显是奉二郎之令来监视自己。李世民现在说不知道大郎和四郎身死，李渊压根就不相信。他本想推开李世民，将其重重责骂一番，然看到身边的阵势，知道自己也是不自由之身。自己虽然名为皇上，真正实权却掌握在怀中恸哭的二郎之手，他只好将满腔怒火压了下去。

    此时，尉迟敬德已经将裴寂圈入侧房，令人就地看管。殿中仅剩下萧瑀、陈叔达随侍李渊身边。萧瑀看到他们父子两人相拥一起垂泪不已，走过来劝慰道：“陛下，太子和齐王在乱军中身亡，已经无可挽回。老臣刚才听说，他们两人欲后日在昆明池击杀秦王，则祸始者为他们，似不可怪罪秦王。”

    李渊老泪纵横，心伤不已，怀中李世民的眼泪打湿了他胸前的衣襟，已经浸透及肉，可以感到泪水的凉意。他听了萧瑀此言，脑子忽然清醒了一些。到了此时，他方才将事情的前后连在一起想了一遍，隐约感到李世民昨天晚上来宫中哭诉，也许是他整个行动的组成部分。此子杀伐决断可谓凌厉，谋事筹划可谓周密。想到这里，李渊的背上不由得冒出了冷汗，心间涌出了许多恐惧：二郎眼前哀哀切切，似对自己万分恭顺，然其内心里到底如何想呢？有一点可以肯定，他既然已夺自己手中兵权，则早已经想好了处置自己的法儿。李渊脸上忽然浮起了慈和之色，他轻轻地推开李世民，用袖口揩去脸上之泪，说道：“二郎，十指连心，他们也是我的儿郎，我心伤其亡亦为性情之中。萧郎说得对，他们心怀歹意，完全是自取其咎，我不怪你，起来吧。”

    陈叔达拱手奏道：“陛下，如今京师震动，则安定其乱为第一要务。建成已亡，应早立太子，以平复眼前之乱。”

    李渊点头道：“不错，陈卿所言极是。二郎，这太子之位本来就是你的，此次万万不能推辞了。士及，你过来，马上拟一道册书，立二郎世民为皇太子。”

    次日，这道册书颁行天下。六月七日，李渊又复下诏，诏曰：“自今后军机兵仗仓粮，凡厥庶政，事无大小，悉委皇太子断决，然后闻奏。”如此，李世民彻底掌握了军国大权，此年，李世民年仅二十九岁。

    李世民既然当了太子，自然要入东宫居住。六月四日那天随着薛万彻为首的东宫宿卫一哄而散，东宫就成为一座不设防的宫殿。侯君集带领一帮如狼似虎的手下，旋风般地杀入东宫，搜检出李建成之子承道、承德、承训、承明、承义，将他们拉出宫门斩之。随后，他们又入了齐王府，找出李元吉之子承业、承鸾、承奖、承裕、承度，也是一刀斩之。侯君集又指挥众人将两府中人尽数赶出，将他们圈入大理寺狱中。独杨琚一人被侯君集带入天策府，原来李世民有交代，说杨琼独怜其妹，可将她交给杨琼看管。这样，东宫就为李世民空了出来，待李渊的册书一下，李世民即刻搬入了东宫。

    李世民奏闻李渊，说为保安定，朝中官职一概不动，唯东宫官属需要重新授任，李渊准奏。当日，李世民任宇文士及为太子詹事，长孙无忌、杜如晦为左庶子，高士廉、房玄龄为右庶子