最后朱由菘之登基，是因为此时总督凤阳军务的马士英率军5万军队携朱由菘入南京，制造了“既定事实”。然后东林党人失势，当年的阉党阮大铖经马士英举荐重新出山。东林党人遭排挤后有样学样，高宏图密信勾结此时手握重兵的宁南侯左良玉，请他出面“清君侧”，即帮助东林党夺权。弘光元年（公元1645年）三月，左良玉正式出兵，兵逼九江。为防左良玉，马士英急命此时督师扬州的史可法抵抗，江北防线尽撤。此时，清军由阿济格、多铎统兵大举南下，趁南明政权内耗之际，兵不血刃渡过长江。左良玉在“清君侧”路上病逝，全军降清，史可法部署在扬州北面的“江北四镇”也尽数沦陷，弘光政权大局已不可挽救。五月十三日，清军攻陷扬州，史可法不屈遇害。五月十四日，清军占领南京，南明上下文武百官多成俘虏，阮大铖、钱谦益之流投降。马士英逃跑后携太后退守浙江，后被清军擒杀。南明弘光政权仅存在了一年即告灭亡。观整个灭亡过程，实祸在党争。一直被认定“正义”的东林党，先勾结左良玉起兵在先，钱谦益之流主动投降在后，可以说是清军南下的“推手”。

    现代人说起弘光政权的灭亡，总把那时期遭排挤的东林党说成“正义”，马士英、阮大铖之流说成“邪恶”。但双方均无“正义”可言，说起抗清的“实事”，反而是“奸臣”马士英出力多些。南朝如果没有党争内耗，清朝想迅速平定江南，几无可能。

    弘光政权灭亡后，南中国曾出现了多个南明小朝廷，但都各自为战，昙花一现。而且小朝廷之间的相互残杀，比抗清的战斗更多。之后的十几年间，清军一路南下，攻城略地，并颁布剃发令，强令百姓剃发易服，引起反抗无数。真正给清王朝制造巨大麻烦的南明朝廷，是最后一个南明王朝永历王朝。

    永历政权，建立于公元1646年十二月二十二日，永历帝朱由榔，是万历皇帝朱翊钧的直系孙子。南明隆武政权灭亡后，他在广西巡抚瞿式耜的拥立下在广东肇庆即位。同其他南明诸帝相比，永历帝是一个苦命人，登基只有7天，清军就迅速扑来，赣州失守。永历朝廷只得迁往广西，定都于桂林。艰难困苦下，永历帝当机立断，决定联合散落在各地的原农民军余部，共同抗清，这个决定为南明政权迎来了曙光。永历政权先后接纳了大顺军郝摇旗部、李过部，与湖广总督何腾蛟一起联合破敌。同年四月，南明军取得“湖南大捷”，何腾蛟在湖南九战九捷，几乎收复湖南全境。与此同时，清军中李成栋、金声恒等汉将也纷纷起事，叛清降明，永历政权的控制区域，到公元1649年时，已扩展到云南、广西、四川、湖南、江西、贵州、广东七省，几乎坐拥南中国。

    “党争”这个明王朝的魔咒再次接踵而来，和弘光政权一样，永历政权也是鱼龙混杂，既有大顺军余部，也有东林清流，还有阉党成员，各方势力相互牵制，局面危急下或能同心，一旦局面转好，内部问题就浮出水面。永历政权内部的党争，主角是“吴党”和“楚党”，起义军中，“正规军”和投降的农民军矛盾不断，正规军普遍歧视农民军，时常激起兵变。公元1649年，清军进攻湖南，驻守当地的总督何腾蛟指挥失误，遭清军孔有德部偷袭，被俘遇害。同年四月，“起义”不久的永历大将李成栋，在江西信丰全军覆没，永历王朝局势急转直下。公元1650年底，永历帝的辅国大臣瞿式耜兵败全州，杀身成仁。这几次失败，表面看是军事原因，其实是内部矛盾。比如湖南之战，清军大兵压境时，发生了南明正规军与农民军之间的兵变内战。李成栋战败，也是因永历宠臣马吉祥作梗，断绝了李部的军粮供应，孤军奋战终全军覆没。公元1651年，农民军将领李来亨宣布脱离永历政权独立抗清。大好的形势，至此已完全葬送。虽然永历帝又联合大西军，一度由李定国发动北伐，击败清