5年同盟会成立后，他也随即加入，成为双料革命元老。

    蔡先生曾回忆说：“自36岁（1902年）以后，我已决意参加革命工作。觉得革命自有两途：一是暴动，一是暗杀。在爱国学社中竭力助成军事训练，算是下暴动的种子。”特别是在拒俄运动期间，中国教育会和爱国学社的师生在张园集会，蔡元培更是“公言革命无所顾忌”，人称“翰林革命”。

    《苏报》案发生后，章太炎入狱三年、邹容瘐死监中，蔡元培也于1907年开始游学欧洲，以避其锋。在德国的四年中，蔡元培编著了《中国伦理学史》，在学术上更进一尺。1911年武昌起义爆发，蔡元培返回国内并被推为南京临时政府的教育总长。袁世凯就任中华民国临时大总统后，蔡元培及宋教仁等几位国民党阁员决定退出内阁，袁世凯亲自挽留，说“我代表四万万人坚留总长”，蔡元培则代表国民党阁员彬彬有礼地答道：“元培也对于四万万人之代表而辞职。”袁世凯见其去意已决，只好勉强同意。

    辞去总长一职后，蔡元培再度出洋，直到1917年受邀担任北京大学校长职务才返回国内。北大源于京师大学堂，原为旧官僚晋身之所，这些人一心想着升官发财，学风尤其恶劣。当时京城的八大胡同便有“两院一堂”的说法，所谓“一堂”者，指的就是京师大学堂，因为其师生常光顾这等烟花之地而闻名也（后来陈独秀亦有此习）。

    蔡元培上任后，即主张“大学学生，当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯”，他在给汪精卫的信函中也曾说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”由此可见，蔡元培开始提倡“教育救国”理念并希望学生专注于学问，但对于政治运动，他仍旧未予取舍。

    第一次世界大战结束后，教育部特令北京的各学校放假庆祝，后由半天延长至数天。1918年11月14日下午，北京学界举行游街大会，教育总长还特意安排在天安门附近搭建一座高台，以供检阅与演讲之用。由于这次“游街”游得特别的好，蔡元培校长在兴奋之余，又向教育部请求延课两天，并希望借用天安门的那个临时高台，以供北大教授们公开演讲。在这两天里，蔡先生每天都去演讲一次，其他文理科学长教授也都陆续登台，在剧烈的冷风中向大众讲演，几至喉咙嘶哑为止。

    在这段时间，蔡元培先生的确十分兴奋与热情，他公开号召学生走出校园，积极参与到国家与社会的活动中去，并对不参与提灯游会的学生施以连坐惩戒，这对北大学生后来热心社会活动的风气无疑起到了推波助澜的作用。

    希望越大，失望也越大。1919年5月2日，在巴黎外交失败的消息传来后，已得知内情的蔡元培在思考再三后，将罗家伦、傅斯年等学生代表请到家中，告知此事。由此，原本在“五七”国耻日的游行提前到4日爆发，即震惊中外的“五四运动”。

    在学生被捕之后，蔡元培邀集北京13所大专院校的校长在北大开会，并当场表示：为使学生出监狱，他愿意“以一人抵罪”。随后，他便带着校长代表团前往警察厅、教育部等部门请愿，要求立即释放被捕学生。在连续奔波了两日后，被捕学生终于被释，而蔡元培也在各种反对势力的压力下发表辞职声明，大意为：第一，我绝对不能再做那政府任命的校长；第二，思想自由是世界大学的通例，我绝对不能再做不自由的大学校长；第三，北京是个臭虫窠，我绝对不能再到北京的学校任校长。

    在未获教育部批准之前，蔡元培便遽然离京南下。临走前，他留给北大师生一纸启事：“吾倦矣！‘杀君马者道旁儿也’。‘民亦劳止，汔可小休’。吾欲小