南迁，随之将图书南移；另一方面，南朝统治者也注意收集图书，使图籍增加较快。

    宋武帝刘裕在任东晋大将军时就注意收集图书。元熙二年(公元420年)刘裕称帝，接管了东晋全部藏书。据王俭编制的目录，宋的藏书在元徽元年(公元473年)为15704卷。南齐时，在齐武帝萧赜〔ze责〕永明年间(公元483—493年)，图书增加到了18010卷。梁武帝萧衍即位不久，下诏向民间收书，使国家藏书迅速增加，仅宫内文德殿就藏图书23106卷之多。梁武帝之子元帝萧绎〔yi义〕酷爱书籍，多次收、抄、买书，遂使秘府藏书达10万多卷，为梁朝藏书之冠。

    梁朝图书曾遭两次焚毁。中大同二年(公元547年)，梁武帝慰问东魏降将侯景部队时失火，使建康城内“东宫图籍数百橱，焚之皆尽”。在此之后的第二年，侯景举兵攻占建康，逼死梁武帝。梁武帝的儿子湘东王梁绎平定了侯景之乱，在江陵(今湖北江陵)称帝，为梁元帝。元帝收罗文德殿及建康各处藏书，共有七万多卷，移至江陵。又从私人藏书者征购与缮抄所缺图书，使梁朝图籍得以恢复。承圣三年十一月末(公元555年1月)，北朝西魏军攻占江陵。梁元帝投降被杀。在投降前，他感到“读书万卷，犹有今日”，在悲郁中下令侍从高善宝把梁朝所聚古今图书14万卷付之一炬。这是中国藏书史上的又一次巨大损失！

    南朝宋、齐、梁、陈四朝都设有秘阁典藏图书。梁朝由于图书较多，便采取分类收藏，佛教经籍收藏在华林园；经、史杂书放在秘阁；其他则藏在文德殿中。梁朝已注意到复本书的问题，他们将复本书藏在其他地方。

    南朝图书管理机构基本上由秘书省主持管理，设秘书监，下设秘书丞、秘书郎、著作郎等官职。这个时期门阀制度极为盛行，士族子弟多慕高官清职，所以秘书省的这些官职多为他们所担任。如谢灵运(公元385—433年)、王俭(公元452—489年)、任昉(公元460—508年)曾经分别任宋、齐、梁各朝主管图书的官员。

    在北方，至北魏统一之前，为十六国割据时期。由于连年战争，藏书事业根本提不到日程上。个别统治者虽想收集图书，但因时局混乱，收效甚微。魏太武帝拓跋焘于太延五年(公元439年)统一北方。在北魏之后，北方相继出现东魏、西魏、北齐、北周，连同北魏，共为五个朝代，是谓北朝。由于北魏注意吸收汉文化，道武帝、献文帝和孝文帝相继三次发起访书、征书活动。特别是魏孝文帝迁都洛阳，实行改革，推行汉化。于太和十九年(公元495年)下令“求天下遗书，秘书所无，有裨益时用者，加以优偿”(《魏书·孝文帝纪》)。为了准确地搞清北魏缺书情况，他派人编制了一部《魏阙书目录》，按籍索书，并到南朝的齐朝借书令人缮抄，使秘府图书逐渐充实。北魏末年，尔朱荣叛乱，国家藏书又大批散失。之后国家分裂为东魏与西魏，接着东、西两魏为北齐和北周所取代，北齐国家藏书不过万卷，北周仅有5000卷而已。

    在魏晋南北朝的300多年里，国家分裂动荡，战乱不已，王朝更迭频繁。政局稍一稳定，国家便征集图书；一有战乱，图书就遭受损失。因此，这一时期国家藏书形成旋聚旋失的局面。

    由于纸张的出现，书籍便于缮写与保存，所以私家藏书见于记载的比两汉为多。三国时期曹魏时哲学家王弼(公元226—249年)藏书多达万卷，并著有《老子注》、《周易注》等书，为魏晋玄学的开创人物。建安七子之一的王粲(公元177—217年)是一位著名藏书家，曾经得到蔡邕数千卷的赠书。蜀国最著名的藏书家是向朗，他“潜心典籍，孜孜不倦。年逾八十，犹手自校书，刊定谬误，积聚篇卷，于时最多。开门接宾，诱纳后进”《三国志