。此时日斩挺身而出，提出让自己担当诱饵，但二代火影为了木叶忍者村的未来而决定亲自担当诱饵，临行前对日斩的行为表示赞许，并让日斩成为下一代的火影。

    日斩成为火影后，团藏以暗部培训部的名义成立属于自己的独立组织“根”，并以首领的身份在暗处活跃着。

    他亦曾与其他野心家有所联系，如曾与雨忍首领山椒鱼半藏合作，怂恿半藏铲除以弥彦为首正

    在崛起的新势力，导致弥彦的死亡及长门即后来的佩恩性格理念上的扭曲曾与大蛇丸有所接触，故为掩饰此事正加派人手追捕大蛇丸的助手药师兜。团藏以“一切都是为了木叶忍者村”的信念为由，在暗中进行着各种无法摆上台面的行动，以这种姿态支持着木叶的发展而为了进一步贯彻自己的理念，身为鹰派代表人物的他一直有争夺火影之位的想法2，在遴选第四代火影之时曾打算支持大蛇丸上位以加强自己手中的权力，但在日斩强烈的意愿下最终成为第四代火影的是自来也的徒弟波风水门，团藏的想法也因此没能实现。水门死后，再度企图争夺火影的团藏也在高层顾问们的质问下未能如愿，而由日斩重新担任火影之职。

    在“根”解散后，团藏曾一度失势，但仍有其成员待在暗部，甚至是继续效忠团藏。

    后来团藏同砂隐村c晓组织c宇智波一族，一起发动了对木叶的政变。事情进行的很顺利，三代目火影猿飞日斩，也是被大蛇丸杀死。

    然而，千叶的出现，让他的计划完全落空。木叶的政变也是失败，他也是被杀死。

    团藏在死前感叹到自己到最后都没能成为火影，自己无论如何都无法追上日斩。并评价日斩和自己道“你是沐浴阳光的木叶。我是深埋地下的根。”

    “伊邪那岐！”

    然而，这一切并非无法挽回。

    团藏的身体，也是被药师兜改造过。用大蛇丸的实验室中，一些柱间细胞，和白绝的身体，直接改造了团藏的秽土转生之体。

    不仅，让他可以使用木遁忍术，甚至可以让他使出伊邪纳岐。

    那是，宇智波一族政变后，的实验素材，被大蛇丸和药师兜用来研究的。药师兜也是把三个实验完毕后的写轮眼移植到了团藏的身体上。

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