没有回头箭，一旦革新进行到一定程度，黄道周等人就算在反对，也没有用了，还会为了稳定局面，不得不无奈配合。

    历朝历代，任何一次改革都必然会造成一定的混乱，朱慈烺这次的军制革新也不例外。

    卫所制度最主要的便是军屯，军户有自己的土地，但这些土地全部都是属于朝廷所有的，卫所一旦取消，军户便不在是军户，理论上自然不能在耕种朝廷的土地，如此倒是引发了一些混乱，不过随后朱慈烺下旨将以前军户的土地全部无偿分配给军户，立刻便将混乱压制下去。

    另外的混乱则是来自于军户当中那些有军职的百户，旗总之类的人们，这部分人非常庞大，大明军队并非每个百总手下都有百人，甚至许多百总手下只有十几人，有些旗总更是光杆一个，但不妨碍他们有军职在身，而朱慈烺的常备军和守备军一旦确立，不可能安置得下这么多原先卫所里面百总旗总之类的基层将官，这些人的去留立刻就成了问题，若是安排得不妥当，造成的混乱同样不好平息。

    朱慈烺与李岩等人商议过后，决定以多发田产和补偿一些银两为利，安抚这些人，如此一来，虽然还有人不服，不过到底已经是极少数，翻不起任何大浪。

    当解决了这些事情后，朱慈烺好不容易在上次抚恤一事中抄家抄到的近两百万两银子又全部用做一空了，国库再次空得能够饿死老鼠，好在军制革新终于得以顺利推行下去。

    一个月后，以十二个常备军和十八个守备军为大明主要的军事力量正式确立。将领职称以应龙军为参照，依次设立军长，参将，千总，百总，旗总，什长等基本领导职务。

    十八个守备军自然是以分散守备地方为主，军长几乎没有任命，而十二个常备军当中，六个应龙军，第一军被派往徐州防备清军，第二军被派往湖北武昌随时策应四川的秦良玉和河南的红娘子，另外四个应龙军和六个还以冷兵器为主要配置的普通明军则全部聚集在南京城周围随时待命。

    经过这次革新，大明军队调度的灵活性大增。同时，为了提高普通明军的战斗力，朱慈烺下旨抽调不少应龙军前往教授应龙军的基础训练方法，最后更是让那些被调过去的应龙军士兵直接留在了原地成立执法队，专门执行军法，至此，大明所有大军都全部被朱慈烺牢牢掌控住，令行禁止。