最后在数支火枪面前，毅然举剑自杀，只因孔有德及时赶到，击落他的宝剑，使他没能杀身成仁。

    孔有德当过矿工，也当过海盗，很讲江湖义气。他敬重孙元化的为人，对他在困难时收留自己，一直心存感激，所以俘获孙元化后，马上向他表示，如他愿意“共图大业”，可以举他为王。但是，这一建议遭到了孙元化的坚决拒绝。最后，孔有德还是念及旧恩，把他放了。

    孙元化一被放出，就被大明的镇抚司逮捕，押往京城在他身陷敌营时，那些曾被他得罪过的京官们，已经认定他反叛投贼，如今，面对放归的孙元化，如果不把他打成叛贼，以前的认定岂不成了诬陷？所以他们抱成一团，咬住孙元化不放。此时，徐光启坚定地站出来为孙元化辩解，称他决不会叛变投敌，并向崇祯皇帝表示，愿以全家性命担保孙元化的忠贞。对此，当时的首辅也就是内阁总理周延儒，也想放过孙元化。

    但周延儒的政敌——也就是那个力主处死袁崇焕的温体仁，一直觊觎着首辅宝座。此时，温体仁看破了周延儒为孙元化开脱，是为巩固自身的地位，想把政治上一直保持中立的徐光启拉到他的一边，他马上把周延儒和孙元化扯在一起，不断在朝中暗中煽风点火，说周延儒袒护孙元化，是曾收过孙元化的好处，这就引起了更多人的愤怒。明末的乱局中，从来不缺敢于说话的大臣，这些人并不都是坏人，但是他们过于喜欢表现自己，把偏执等同于刚正不阿。一些大臣在温体仁的煽动下死盯住孙元化不放，非要置他于死地。他们抓住徐光启最为不利的一面大做文章，就是他和孙元化不但是师生关系，而且其子和孙元化是儿女亲家。他们还详尽地拿出吴桥兵变造成的重大损失，犯颜问先皇崇祯是不是秉公办事的明君。

    于是，先皇崇祯为了表示自己是位“秉公办事”的明君，终于下定决心，处决了孙元化。这一年，孙元化五十一岁。

    朱慈烺听完吴应熊将的孙元化的往事，唏嘘不已，但他小声说：“先皇赏罚分明，秉公办事，并没有错啊。”

    吴应熊道：“小孩子才分对错，雄才大略的君主只看利弊！如果先皇能够做到物尽其用，人尽其才，大明至少有一百次的机会不用亡国，可惜有才的大明将领，都给你爹杀光了！这个时代，谁拥有了先进的火器，无疑就是拥有了决定战争胜利的不二法宝。可惜竟然因为一只母鸡，让本就受克扣军饷欺压的士兵们异常不满，群情激奋拥戴孔有德为主，发动了‘吴桥兵变’。孔有德率军向皇太极宣誓效忠，变成了满清王朝的走狗，不仅让皇太极获得了大量精良的西洋火器，而且得到全套铸弹制药技术和瞄准的知识与仪器。徐光启和孙元化师生二人苦心谋划的军事改革，因为一只母鸡的缘故，不但一切成空，而且还帮助了敌人，直接导致了明清军事力量发生巨大变化。在隆隆的炮火声中，我大明多少将士灰飞烟灭。”

    “一只母鸡改变了大明的国运？真是荒谬！这是天意么？”朱慈烺叹了一口气道。

    “这根本不是什么天意，这是人祸。一件看似很偶然的事件，背后有一百个必然的问题，皇上好好想一想，如果大明能善待前方的一线军士，能给他们足够的粮饷不让他们饿肚子，如果朝廷没有那么多为私利而相互攻击的阉党和东林党的朋党之争，没有那么多攻击武将的空谈之小人，还有，先皇崇祯如果不是那么要面子，孙元化完全可以不用死的。”吴应熊道：“像温体仁那样口蜜腹剑的乱臣贼子，早就该死一万次！”

    “现在就算给孙元化平反，他人已经死了，有什么意义么？”朱慈烺有点头晕脑胀，他从小只是读了一些圣贤书，社会阅历几乎为零——圣贤书并没有教他怎么用兵打仗，并没有教他战争前线的诸多细节会决定胜负；圣贤书里没有教他权谋和现实世界的利益规则，没有讲人心有多复杂；