革命,当领兵进至石家庄后,即前往娘子关与阎锡山会晤,商定了组织“燕晋革命联军”,由吴禄贞担任大都督兼总司令,阎锡山、张绍曾为副都督兼副总司令,公然打起反清旗号,决定会师北京,扫除清室。阎当即派兵两营,归吴指挥,在石家庄截拦清政府的军械,扼制京汉铁路。正在湖北指挥作战的新任清政府内阁总理大臣袁世凯,对阎、吴之举恨之入骨,便以重金贿买吴禄贞旧部周符麟,设计将吴刺杀。“燕晋革命联军”因失去统帅,立即分化,阎锡山令其两个营撤回娘子关。袁世凯回京后,又派张锡銮为山西巡抚,带领第三镇曹锟所部进攻山西,相继攻破娘子关、井陉等要地,阎则带领部分民军撤离太原。途中,他感到此举失策,为保全其所谓革命荣誉,便通电全国,声称进军北路,攻取大同,于1912年1月,与吴行芳、张培梅带领的雁门、怀仁两部民军会合,攻占包头。
同年2月,清帝下诏退位,南北政府和议告成,袁世凯窃据临时大总统。阎锡山看到形势已定,便下令返省。但袁世凯借口山西起义后,当清军进攻山西时,阎锡山弃城出走,不承认山西为起义省份,用以打击阎锡山。因此,当阎领部进至忻州时,便严厉电令其不准擅自行动。阎锡山对此莫测所以,极为恐慌。他想,要回太原重新执政,非投靠袁世凯不可。这时,他探知定襄县董崇仁自幼出入宫廷,与内侍人等非常熟悉,并曾与袁世凯拜过把子,便邀其随同派员一起,星夜进京谒袁,竭陈拥护之意。同时,派人前往上海,面见孙中山请求支援。后经孙中山为山西起义力争,加以董崇仁在京多方疏通,袁世凯才于3月15日任命阎为山西都督,他才得以重返太原。
当时,山西政府规模初具,新旧两派倾轧激烈。阎锡山暗中cāo纵,左手拉住同盟会和民主共和,右手又拉着袁世凯的君主立宪。这年8月,同盟会改造为中国guó mín dǎng,阎锡山被选为参议。但他为稳定在山西的地位,执掌山西大权,对孙中山只作表面上的应付,而采取各种手段,讨好袁世凯。他派人常驻北京,贿赂袁的亲信总统府秘书长梁士诒,向袁表示恭顺。荐请任命董崇仁为晋南镇守使,又请任与袁族有亲戚关系的陈钰为山西民政长。还不惜送自己的父亲阎书堂常住北京,作为人质,以解袁的怀疑,取得袁的信任。10月,袁世凯下令解散guó mín dǎng,阎立即声明脱离guó mín dǎng,并秉承袁的指令,在三个月内将山西guó mín dǎng部一律解散。
1913年,guó mín dǎng发动的第二次革命失败后,袁世凯为图谋帝制,要将各地参加起义的人员一网打尽。袁认为山西处于北京肘腋之下,不容异己存在,便三次传见阎锡山。晋见之前,阎对随行的赵戴文、张树帜说:“此次去见,凶多吉少,如我进去时间太长,你们需留心探问。”他晋见袁世凯时,见袁气色严厉,态度凶恶,便俯首恭顺,故显示庸碌、懦弱和畏惧的神情,使袁对他的气色有所缓和。
回到住所,他对赵戴文说:“真是可怕。”第二次晋见后,他对赵等说:“这一次很好,袁没有上一次那样厉害。”第三次晋见后,他眉飞色舞,笑逐言开地回到山西。后来,各省同盟会员任都督的大部被袁世凯撤换,而阎锡山稳居其位。
次年6月,袁世凯将各省都督改为将军,阎锡山被任命为“同武将军”。他颇以为荣,在五台原籍河边村特建门楼,篆刻“同武将军府”,以感袁的知遇之恩。为逢迎袁世凯,他又通过董崇仁的关系,买通袁的女仆,密察袁的意旨,如有所需,无不奉命惟谨。后来,他听到袁之子袁克宽告人说,“阎锡山脑后没有反骨,所以令他执掌山西军政”,这才长长地嘘了一口气,把忡忡忧心放了下来。
其实,袁世凯并没有轻信阎锡山,就在这年春,派