全真道的发展尽管有低谷，但并没有停滞。特别值得指出的是，元朝实现了南北统一，为原在北方的全真道提供了南传的条件，当然也为原在南方的道教南宗提供了北上的机会。据现在所知，最早进入黄河以南传道的全真道士是吉志通，他是陕西阳人。"师乔潜道及潘清容。博学多闻。后居武当山，十年不火食。"于中统甲子（1264）逝世。⒅乔潜道是马钰弟子，吉志通即是马钰之再传。推其居武当山的时间，当在元宪宗时。比吉志通稍晚，武当山又有鲁大宥和汪真常相继成为全真道士，此后全真弟子日众，武当山遂成为全真道的重要据点。继武当山之后，全真道继续南传至苏、浙、闽、赣等地区，如居江苏仪征的李道纯（或谓居凤阳盱眙），居浙江杭州的徐弘道、丁野鹤、黄公望，居浙江黄岩委羽山的赵与庆，活动于江西、福建一带的金志扬、桂心渊，以及活动于江西、浙江、福建一带的李珏至陈致虚一系等。他们大多是南宗道士而加入全真道者。

    全真道的南传，使原来互相隔绝、但却同源于钟吕金丹派的南、北二宗（南宗与全真道）增加了接触的机会。由此经过接触，彼此认同，逐渐产生了合为一宗的要求，特别是组织松散、势力弱小的南宗更有会归全真道的愿望。为了使二宗合为一宗，必须对二宗原来各自尊祀的祖师传系作必要的调整，使之合为一个双方都能接受的祖师系统，以便合宗后共同崇祀。这是二宗合并必不可少的工作。在这过程中，陈致虚是积极的推动者，他根据二宗已有的成说，在《金丹大要》和《金丹大要列仙志》中，提出了如下的祖师系统：

    这种安排，显然是抬高了北宗，降低了南宗，但在当时元室已封王玄甫、钟离权、吕岩、刘海蟾、王等为"真君"、"帝君"的条件下，这是最好的安排，故终被双方所接受，完成了二宗的合并。时间大约在元代中后期。

    全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符大派正一道平行发展。

    自元成宗即位，解除了对全真道的禁令以后，苗道一、孙德、兰道元、孙履道、完颜德明等相继掌教。自苗道一起、每任掌教皆授封为zhēn rén、演教大宗师、知集贤院道教事。这是除玄教以外，其他道派掌教皆未获得过的褒封。他们在此褒封宠遇下，都相继由清静恬淡之士变为道士官僚。他们所居之地，早已不是王为之设计的远离尘嚣的茅庵，而是置诸京城的雕梁画栋的豪华宫室。平时所为，除为皇室建斋祈福外，则是忙于与通显豪家相往还。陈垣先生称全真道上层的这种变化为"末流之贵盛"。上层贵盛了，教务随之却退步了。前期人才济济的景象不存在了，渐显出人才凋零的景象，前期那股朝气不见了，渐显出衰老的暮气来。

    衰落时期

    入明以后，全真道步入衰落时期。这有它本身活力大半丧失的原因，也有明王朝所施政策的原因。明太祖为《大明玄教立成斋醮仪》所作的御制序文中说："禅与全真务以修身养xìng，独为自己而已；教与正一专以超脱。特为孝子慈亲之设，益人lún，厚风俗，其功大矣哉！"表现出只支持正一，不支持全真的意向。后来的实际作法确是如此。朱元璋及其继任者召见的大多是正一天师及其门徒，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少。全真道首领并不住在白云观，出现群龙无首的局面。

    在上述情况下，全真道分裂为诸多小派进行独自的活动，其正宗为"七真派"。即宗邱处机的龙门派，宗刘处玄的随山派，宗潭处端的南无派，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少。至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各