推59团团长晋士林为临时指挥,再次发起进攻,扩大战果,企图在天亮前占领村内制高点,核心阵地大庙,但是连攻数次,伤亡累累,一点效果没有,天放亮前守军除了用火力封锁突破口,展开部队从两翼进攻突破口,重新夺回突破口,团团包围了突入部队。
晋士林、吴忠不得不带领59、58、62团突入部队依托已占领的5个院落转入防守,突入的1千几百人守在5个大院里,虽然在两个主力团长指挥下,构筑大量工事,将5个院落墙壁全部打通,使5个院落连为一体。还是施展不开,6日上午9点章缝集守军32团有组织地展开反攻,迫击pào弹、手榴弹雨点般落在5个大院里,战防pào在pào连连长林文模亲自指挥下,将战防pào抵近院墙几十米处shè击,pào声响处,只见浓烟弥漫,房倒屋塌,院墙被轰开几个缺口,守军死伤累累,62团一营营长孟宗华腿被pào弹zhà断坐在地上,32团士兵一涌而上从突破口进入,守军全部退入屋内防守,两个战士上前架着营长孟宗华往屋内跑,这时一个国军士兵从突破口进入,举起汤姆式冲锋qiāng打了一梭子,孟营长和两个战士全身中弹,倒在院内,当场死亡。屋内守军见状不顾一切发起反攻,重新封锁缺口。32团战防pào连长林文模在抵近shè击时,也被守军打死。战斗进入拉锯状态。
32团从6日上午一直到下午,发动了3次进攻,都被击退,但这种凶猛进攻势头使得突入部队顶不住了,进攻部队每发pào弹都给守军造成重大死伤,59团突入两个营,伤亡大半,59团2营教导员、3营营长都在混战中被打死,工事全部被摧毁,院内躺满了尸体,满屋都是伤员在呻吟、哭喊。第3次进攻时,庄内临时总指挥59团团长晋士林和政委首先动摇了,6日黄昏时分,在团长晋士林带领下,撇下友军58、62团部队不管,自顾自突围逃命去了,整个突围过程损失非常大,在32团qiāng林弹雨中,死伤累累往外冲,团长晋士林、政委刘权都被打伤,团长晋士林被两个战士架着逃出了章缝集,这成了军政双优、解放军中极少有的大学毕业将领晋士林一生耻辱,并为此背上黑锅,战后被调动了职务,作为处罚,直到淮海战役前还是个团长。
59团残余部队突围逃跑后,32团迅速从两翼封锁突破口,并将留在突破口掩护的59团3营9连全部消灭,重新封闭突破口。
留在庄内残存的58、62团部队只剩不到300人,力量更加薄弱,守在几个大院里,危在旦夕。
晋士林突围后,司令员杨勇找他谈话,知道了村内的严重情况,并向中野做了汇报。鉴于7纵进攻章缝集失败,刘、邓决定将进攻更加不顺利的3纵全部(欠24团)调到章缝集,会合7纵,两个纵队合力进攻章缝集,将战略目标从歼敌一个旅明确修改为消灭章缝集守军32团一个团,救出吴忠等人。
就在9旅扫清外围同时,主攻东西蒋庄部队7旅、8旅也进到集结地域,不幸的是被守军提前发现,一顿猛烈pào火杀伤,还未进攻就死伤200余人,士气大受影响。安置完死伤人员后,7、8旅重新集结,于10月4日晚22点,再次发起总攻,7旅(欠21团)攻东蒋庄,根据11军战史记载:“4日22时,第7旅(欠21团)攻东蒋庄,19团担任主攻,其1营攻村北、3营攻村东,2营为预备队。20团在东、西蒋庄西北方向牵制敌人。战斗发起后,19团9连从敌鹿砦、暗堡间突入,由于敌暗火力点封锁突破口,被敌包围。该连临危不惧,依托占领的几间房间,与敌展开顽强拼杀,连长负伤,排长代替指挥,战至翌日拂晓,在2营1个班的接应下,该连司号员从村内出来带路,突出重围。21团1连也突入敌前沿阵地,攻占2个地堡,拂晓,亦撤出战斗。”