1995年，在尤科斯石油公司的拍卖中，霍氏旗下的"缅纳泰普"投资银行以35亿美元买下该公司78%的股份。从此，尤科斯石油公司成了霍多尔科夫斯基的"摇钱树"。1997年，霍氏开始淡出其它行业，专心经营石油公司，他为年产3400万吨石油的尤科斯投入了17亿美元的资金，后又花10亿美元购买了年产量1100万吨石油的东方石油公司。这一年，尤科斯石油公司上市，市值达90亿美元。在短短10多年间，霍多尔科夫斯基便从一个名不见经传的小商贩成为富可敌国的俄罗斯首富，被外界称之为"石油沙皇"。

    霍多尔科夫斯基主张尤科斯石油集团上市，借助上涨的股价，他积聚了80亿美元(合50亿英镑)的财产，被《福布斯》杂志列为俄罗斯首富。据统计，尤科斯石油公司上市后，其市值已从原来的90亿美元升到了如今的200亿美元。尤科斯公司的石油开采量仅次于卢克石油公司，位居俄罗斯第二，但其石油加工能力则超过对手。两家公司的石油加工量占全国的16%。尤科斯还拥有俄罗斯数量最多的汽车加油站，共有近1300家。由于石油加工产品价格高，公司将大部分石油产品投放国内市场，而原油则以出口为主。2003年，公司计划开采8300万吨石油，其中5230万吨销往国外，3040万吨提供给所属的石油加工企业。石油产品的出口量和国内销售量预计分别为1020万吨和1710万吨。

    石油的探测和开采分别由尤科斯旗下的4家公司负责：尤甘斯克石油天然气公司、萨马拉石油天然气公司、托木斯克石油公司、东西伯利亚石油和天然气公司。各公司的石油开采量是不平衡的。尤甘斯克油气公司负责位于汉特-曼西自治专区的28处采油区，其产量占尤科斯公司整个产量的61%；托木斯克和萨马拉两地的采油量占36%；东西伯利亚油气公司尽管负责克拉斯诺亚尔斯克和埃文基自治专区两处前景看好的油区，但对石油开采量的贡献并不突出。尤科斯旗下有19家石油产品销售企业，在俄罗斯境内40多个地区有"自己的地盘"。该公司销售企业的地域分布符合其在各地的石油加工能力。如：在萨马拉州有3家工厂，生产全公司47%的石油产品，因此尤科斯在俄罗斯中部及伏尔加河沿岸地区的销售量很大。排在第二位的是西西伯利亚地区和东西伯利亚的部分地区。克拉斯诺亚尔斯克边疆区、伊尔库茨克州、新西伯利亚州、托木斯克州、哈卡斯自治州早就与尤科斯合作。该公司所属的安加尔斯克石化公司和阿钦斯克石油加工厂负责这些地区的燃料供应。此外，尤科斯在俄罗斯南部及阿尔泰边疆区也有相当稳固的地位。尤科斯仍在继续满足国防部各种石油产品需求量的45%、内务部的50%和边防部队的50%。

    2003年8月，俄反垄断政策部批准尤科斯石油公司与俄排名第五的西伯利亚石油公司合并。合并后的尤科斯-西伯利亚石油公司将成为俄第一大、世界第四大私营石油公司。2002年两公司的石油开采量达75亿桶，占俄罗斯全国石油总开采量的29%。与尤科斯合并的西伯利亚石油公司在西西伯利亚的油品市场占主导地位，在不同地区它占有从30%到60%不等的市场份额。从1997年开始，该公司积极开拓新市场，进入了阿尔泰边疆区、斯维尔德洛夫斯克州和伊尔库茨克州。到2002年底，它的地区销售企业达到11个。尤科斯所售股份的市值为150多亿美元。

    霍多尔科夫斯基接受了西方经营观念，在他的公司里实行透明化管理。另外，他还向很多慈善机构捐款，因此在西方世界很有人缘。在政治上，霍多尔科夫斯基是个亲美、亲西方的人物。同时，他广泛收买杜马和政界人士，在俄左中右派中都有他的代言人。《福布斯》2002年评选霍多尔科夫斯基为全球十大最有