1998年4月的一天，默多克正召集他的高级管理人员在美国太阳谷举行行政会议，他的妻子安娜打来了电话。安娜与默多克认真地谈了婚姻中的危机，她希望能重新和好。当时，默多克不得不中断议程，与妻‘子讲了几句温存话。返回会议厅时，他向同事担保，他和妻子很快会弥合分歧的。但随着时间的流逝，两人的婚姻危机毫无改观。

    1998年5月，不得已的安娜与默多克开始分居。

    1998年7月，默多克的担保余音尚在，安娜就把三个孩子叫到洛杉矶，向他们宣布：结婚31年，我们要离婚了。安娜向洛杉矶法院提出离婚诉讼，称双方有“无可调和的矛盾”，并要求进行财产清算和分割。属于默多克所有的《纽约邮报》率先发布了这条新闻。

    依新闻集团所在地加利福尼亚州的法律，两人长达30余年的婚姻结束时，财产可五五分成。当时，默多克夫妇财产总额高达65亿美元，而且安娜本身还是新闻集团的董事会成员之一。

    消息传出后，新闻集团股价在澳大利亚和美国均应声下跌。由于传言安娜与丈夫的分歧之一是她对默多克无休无止的扩张媒体帝国的不满，股民们因此怀疑67岁的默多克是否会真的慢下脚步考虑退隐。

    而不管怎样，至少新闻集团的经营管理会在短期内因此受到影响，则是板上钉钉。当时即有分析师称：“如果事情不能得到圆满解决，公司的控制权将旁落他手。比如为了筹集现金，默多克必须出卖股份。”在强大的舆论和股价压力下，几周后，即便强硬如默多克，也不得不在公司高层会议上突然撇开议程，盛赞安娜，以竭力让与会者相信，他和太太能合理解决分歧。

    就在媒体评论家认为“如果默多克能就此在洛杉矶的家里多花些时间，离婚风波将逐渐平息”的时候，1998年10日，在新闻集团的董事会上，安娜突然接到丈夫下达的逐客令，要求她离开集团董事会。对外界，默多克显得很有风度；但私下里，默多克甚至不肯给安娜任何选择的余地，只是无情地命令她必须离开。

    这对安娜来说无疑是沉重的致命打击，她的告别演说充满绝望：“这不仅是我婚姻的结束，也是我生活的结束离开他，我感到非常难过。”一些董事眼里闪着泪花，目送这位自18岁起便为新闻集团尽力的女人在她大儿子拉克兰的陪伴下黯然离去。

    1999年6月8日，默多克夫妇正式签署了离婚协议。

    默多克和当时英国《每日镜报》19岁记者安娜结婚，两人共同相伴生活了31年，并生育了两男一女3个孩子。安娜婚后参与默多克传媒帝国的管理工作。31年来，默多克和安娜一直被视为亿万富翁中少有的模范夫妻。他们两个离婚的消息一经爆出，就成了各报竞相报道的大新闻。在正式离婚之后，默多克和安娜发表了一个共同的声明，拒绝透露协议的细节，只是说双方“和和气气”地分手，默多克的事业不会因此受影响。这场离婚大战以安娜得到10亿美元的离婚赔偿而告终。

    离婚协议仅仅生效17天后，默多克便迫不及待地与来自中国广东的32岁女子邓文迪在他泊于纽约港的私人游艇上举行了秘密婚礼。默多克与邓文迪的特别婚姻引起了诸多新闻媒体的广泛关注。参加二人婚礼的客人都是默多克和邓文迪的家人及私人朋友，其中不乏贵客，俄罗斯有钱有势的“大人物”别列佐夫斯基也悄悄出现在游艇上。美国最高法院法官杰奎琳·西尔伯曼为默多克夫妇担当证婚人，韦尔什还为他们演唱了3首婚礼歌曲。

    而默多克的母亲伊丽莎白女爵士对默多克此次离婚非常不满。

    在默多克与安娜大闹离婚的日子里，媒体能够知道的离婚理由不外乎以下列举的几条：默多克只顾工作不顾家庭的生活方式，安娜的身体和精神